אף שמוסכם על גדולי ישראל שיש ערך בלימוד המדע, בפועל הוויכוח נמשך. יש סוברים שגם בימינו לימודי מדע עלולים לגרום לעזיבת הדת או להיחלשות בשמירת המצוות, ויש סוברים שאדרבה, הכנסת לימודי מדע לסדר הלימוד בישיבות בגיל הנעורים תמנע את הבחורים מלהיסחף אחר ההשכלה החילונית, ואף תרחיב את דעתם בהבנת התורה, כדברי הגאון מווילנא. בפועל, למרבה הצער, אם נסקור את מאתיים השנים האחרונות, נמצא שרבים עזבו את המצוות בקרב שני הזרמים, וקשה לקבוע מהיכן עזבו יותר.[10]
יש להוסיף שסוגיית עזיבת שמירת המצוות או החזרה לשמירתן אינה תלויה רק בשאלת לימודי מדע, אלא בגורמים נוספים, כדוגמת: תהליכים היסטוריים וחברתיים, משברים ותמורות שעברו על העם היהודי בתקופה המודרנית, חוזק הקהילה והצלחתה, אופי אישי, מצב חברתי וכלכלי ועוד.
[10]. בדורות האחרונים, בין הסוברים שאין לשלב לימודי מדעים בשנות הנעורים והבחרות, הם: ר' הלל ליכטנשטיין (אבקת רוכל י), קובץ שיעורים (ב, מז), ברכת שמואל (קידושין כז), חבצלת השרון (תניינא יב). מהם שנקטו בלשון חריפה, וחטאו בביזוי תלמידי חכמים שתמכו בלימודי מדע, ומהם שהזהירו מאוד מההשפעה שעלולה להיות לכך על עזיבת הדת.
ויש שהורו למי שיכול להיות ת"ח שלא לשלב לימודי מדע עם הלימודים בתלמוד תורה ובישיבה (אגרות משה יו"ד ג, פא-פב; ד, לו; יחוה דעת ג, עה; ה, נו, ועוד). אמנם, כפי שעולה מתשובותיהם ומהדרכותיהם בעל פה, הסכימו שבחברה שבה דורשים לימודי מדע, נכון לייסד מוסדות עבורם.
בין הסוברים שצריך לשלב מדעים גם בשנות הילדות והנערות, הם: רש"ר הירש (יסודות החינוך עמ' נא-נג; קלח-מ), הרב הילדסהיימר, הרב ריינס (שני המאורות עמ' 18-35). ויש שכתבו שההדרכה תלויה בציבור, שאם הוא נפגש עם המודרנה – צריך שישלב לימוד מדע, ואם לא – עדיף שילמדו בתחילה רק לימודי קודש, והעיקר שיכבדו ויסייעו אלה את אלה (הנצי"ב משיב דבר א, מד). כך גם היתה עמדת מרן הרב קוק בהדרכתו בפועל. אמנם כפי הנראה, בתוכנית האידיאלית לדעתו צריך לשלב מדעים, כפי שעולה ממקורות רבים שחלקם הובאו בהערות הקודמות. כפי שציטטנו לעיל, מקורו בדברי קדוש ישראל הגאון החסיד מווילנא.