תפקיד חשוב נוסף הוטל על הכהנים: לחזק את הלוחמים בצאתם למלחמה על הגנת העם והארץ, כדוגמת חיל הרבנות וחיל החינוך בימינו. לשם כך, בנוסף לכהן הגדול שהיה אחראי על עבודת המקדש, משחו כהן נוסף בשמן המשחה, והוא נקרא 'כהן משוח מלחמה', ותפקידו לעודד את לוחמי ישראל בדברי אמונה, ולומר להם לקראת המלחמה: "שְׁמַע יִשְׂרָאֵל: אַתֶּם קְרֵבִים הַיּוֹם לַמִּלְחָמָה עַל אֹיְבֵיכֶם – אַל יֵרַךְ לְבַבְכֶם, אַל תִּירְאוּ וְאַל תַּחְפְּזוּ וְאַל תַּעַרְצוּ מִפְּנֵיהֶם. כִּי ה' אֱלֹוהֵיכֶם הַהֹלֵךְ עִמָּכֶם לְהִלָּחֵם לָכֶם עִם אֹיְבֵיכֶם לְהוֹשִׁיעַ אֶתְכֶם" (דברים כ, ב-ד; רמב"ם מלכים ז, א-ג). מלבד חיזוק רוחם של הלוחמים לקראת הקרב, הכהן משוח המלחמה היה נוטל חלק במלחמה עצמה, ונוכחותו היתה חיונית במיוחד.[4] מסתבר שכשם שהכהן הגדול עמד בראש מערכת הכהנים שעבדו במקדש, כך הכהן משוח המלחמה עמד בראש מערך של כהנים שתמכו בלוחמים ביחידותיהם השונות.
תפקיד נוסף היה לכהנים במלחמה, ואף הוא מצווה מהתורה – להריע בחצוצרות, הן כדי לעודד את הלוחמים לגבורה ולביטחון בה', והן כדי להזכיר את ישראל לפני ה' לטובה. שנאמר (במדבר י, ח-ט): "וּבְנֵי אַהֲרֹן הַכֹּהֲנִים יִתְקְעוּ בַּחֲצֹצְרוֹת, וְהָיוּ לָכֶם לְחֻקַּת עוֹלָם לְדֹרֹתֵיכֶם. וְכִי תָבֹאוּ מִלְחָמָה בְּאַרְצְכֶם עַל הַצַּר הַצֹּרֵר אֶתְכֶם – וַהֲרֵעֹתֶם בַּחֲצֹצְרֹת, וְנִזְכַּרְתֶּם לִפְנֵי ה' אֱלֹוהֵיכֶם, וְנוֹשַׁעְתֶּם מֵאֹיְבֵיכֶם". וכן עשו במלחמת מדיין, כאשר פינחס הכהן הריע בחצוצרות. שנאמר (שם לא, ו): "וַיִּשְׁלַח אֹתָם מֹשֶׁה אֶלֶף לַמַּטֶּה לַצָּבָא, אֹתָם וְאֶת פִּינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר הַכֹּהֵן לַצָּבָא, וּכְלֵי הַקֹּדֶשׁ וַחֲצֹצְרוֹת הַתְּרוּעָה בְּיָדוֹ". וכן במלחמת יריחו, הכהנים תקעו בשופרות לפני ארון ה' במשך שבעת הימים שהקיפו לוחמי ישראל את העיר, ובכך הובילו את המלחמה מבחינה רוחנית. שנאמר (יהושע ו, ד): "וְשִׁבְעָה כֹהֲנִים יִשְׂאוּ שִׁבְעָה שׁוֹפְרוֹת הַיּוֹבְלִים לִפְנֵי הָאָרוֹן, וּבַיּוֹם הַשְּׁבִיעִי תָּסֹבּוּ אֶת הָעִיר שֶׁבַע פְּעָמִים, וְהַכֹּהֲנִים יִתְקְעוּ בַּשּׁוֹפָרוֹת". וכן במלחמת אביה מלך יהודה (דבה"י ב' יג, יב-יד).
בנוסף, כדוגמת הכהנים שהריעו בחצוצרות לתפילה ולחיזוק רוח הלוחמים, היתה קבוצה מבני לוי שבעת המלחמה עמדה בשירה ובתפילה למען החיילים. כפי שנאמר בימי יהושפט (שם כ, יט-כב): "וַיָּקֻמוּ הַלְוִיִּם מִן בְּנֵי הַקְּהָתִים וּמִן בְּנֵי הַקָּרְחִים לְהַלֵּל לַה' אֱלוֹהֵי יִשְׂרָאֵל בְּקוֹל גָּדוֹל לְמָעְלָה… וּבְעֵת הֵחֵלּוּ בְרִנָּה וּתְהִלָּה, נָתַן ה' מְאָרְבִים עַל בְּנֵי עַמּוֹן מוֹאָב וְהַר שֵׂעִיר הַבָּאִים לִיהוּדָה – וַיִּנָּגֵפוּ" (רשב"א, תוס' רא"ש ומאירי לברכות לה, א). יש אומרים שמזמור 'יַעַנְךָ ה' בְּיוֹם צָרָה' שבתהלים (פרק כ), חובר עבור הלוויים המתפללים על הלוחמים בקרב (מאירי לתהלים שם; ציץ אליעזר כ, לא, י). מסתבר שלתפקיד זה לקחו לוויים מבוגרים, שהיו רגילים לשיר בפיהם ולנגן בכלי נגינה במקדש (וכן בדה"י ב' כ, יד-יז, יַחֲזִיאֵל הלוי התנבא לחיזוק הלוחמים ונצחונם).
[4]. חכמים דירגו (הוריות יג, א) את סדרי העדיפויות בפדיון שבויים, ובתוך כך אמרו שכהן גדול קודם לכהן משוח מלחמה, וכהן משוח מלחמה קודם לסגן הכהן הגדול. ביארו חכמים (נזיר מז, ב), שזה מפני ש"תלו ביה רבים", כלומר הרבים תלויים בכהן משוח מלחמה, מפני שהוא ממובילי המלחמה, וכפי שפירשו שם רש"י ותוס'. והרא"ש שם כתב: "כל ערך המלחמה נעשה על פיו". וכ"כ תוס' הרא"ש (הוריות יג, א): "לפי שהוא ראש ערכי המלחמה, וחיי ישראל תלויין בו". 'ערך המלחמה' פירושו עריכת המלחמה, משמע שהיה יועץ בכיר במטה המלחמה. וכן מבואר ביומא (עג, ב), על הפסוק (במדבר כז, כא): "וְלִפְנֵי אֶלְעָזָר הַכֹּהֵן יַעֲמֹד, וְשָׁאַל לוֹ בְּמִשְׁפַּט הָאוּרִים לִפְנֵי ה'. עַל פִּיו יֵצְאוּ וְעַל פִּיו יָבֹאוּ, הוּא וְכָל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל אִתּוֹ וְכָל הָעֵדָה". "וְכָל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל אִתּוֹ – זה משוח מלחמה", ביאר רש"י: "מי שכל בני ישראל אתו, לצאת למלחמה אחריו".