הכהנים גם נשאו את הארון שליווה את ישראל במלחמה, ועל ידי כך השכינה שרתה במחנה ישראל וזכו לעזרה משמיים. שנאמר (במדבר י, לה): "וַיְהִי בִּנְסֹעַ הָאָרֹן וַיֹּאמֶר מֹשֶׁה: קוּמָה ה' וְיָפֻצוּ אֹיְבֶיךָ, וְיָנֻסוּ מְשַׂנְאֶיךָ מִפָּנֶיךָ". וכן נאמר (דברים כג, טו): "כִּי ה' אֱלֹוהֶיךָ מִתְהַלֵּךְ בְּקֶרֶב מַחֲנֶךָ לְהַצִּילְךָ וְלָתֵת אֹיְבֶיךָ לְפָנֶיךָ". כלומר, על ידי הארון שהיה בקרב הלוחמים, השכינה שרתה ביניהם. לכן נצטוו ישראל באופן מיוחד לשמור על קדושת המחנה, שנאמר בהמשך הפסוק: "וְהָיָה מַחֲנֶיךָ קָדוֹשׁ, וְלֹא יִרְאֶה בְךָ עֶרְוַת דָּבָר וְשָׁב מֵאַחֲרֶיךָ" (פסיקתא זוטרתא, יראים ועוד). וכן נאמר (במדבר יד, מד-מה) על המעפילים, שעלו להילחם בלא הסכמת משה רבנו ובלא ליווי הארון, והובסו: "וַיַּעְפִּלוּ לַעֲלוֹת אֶל רֹאשׁ הָהָר, וַאֲרוֹן בְּרִית ה' וּמֹשֶׁה לֹא מָשׁוּ מִקֶּרֶב הַמַּחֲנֶה. וַיֵּרֶד הָעֲמָלֵקִי וְהַכְּנַעֲנִי הַיֹּשֵׁב בָּהָר הַהוּא, וַיַּכּוּם וַיַּכְּתוּם עַד הַחָרְמָה".
וכן כאשר מנהיגי ישראל נצרכו לשאול באורים ותומים בענייני המלחמה, היו שואלים לפני הארון (שופטים כ, כז; שמ"א יד, יח; פנה"ל אמונה ומצוותיה יז, ב). ובארון היה "השם וכל כינויָו" (סוטה מג, א).
מסתבר שמשמר הכהנים שנשא את הארון הורכב מלוחמים עזי נפש, שיכלו להגן על הארון מפני האויב שהתאמץ לקחתו בשבי ולהכריע בכך את המערכה. וכפי שהיה מקובל בכל הצבאות, שבלב המחנה, בצמוד למלך או למפקד המערכה, התנוסס הדגל שביטא את הממלכה, והחיילים המובחרים ביותר שמרו עליו ועל המפקדה. הדגל של עם ישראל, עם הקודש, היה ארון ה'. ובמלחמה שעשו הפלשתים נגד ישראל באבן העזר, משמר הכהנים כשל, והפלשתים הרגו את חופני ופינחס בני עלי הכהן הגדול, ולקחו בשבי את ארון ה'. בעקבות זאת חרבה שילה, ועלי הכהן הגדול מת. אולם שמואל הנביא, שהיה לוי, עורר את ישראל לתנועת תשובה וביעור האלילות, מתוך כך נלחמו שוב בפלשתים, ובזכות שמואל זכו לניצחון גדול ולהרחקת הפלשתים מגבול ישראל (שמ"א ז, ב-יד).[5]
[5]. הארון שמייצג את השראת השכינה במחנה, היה יוצא באופן קבוע עם מחנה ישראל למלחמות, וכפי שמצינו בימי דוד, שהארון היה עימם במצור על רבת בני עמון (שמ"ב יא, יא). אולם אין הכוונה לארון הברית שבקודש הקודשים, שבו היו לוחות הברית, שכן הוא נשאר לעולם במקומו, וכשהוציאו אותו בני עלי למלחמה בפלישתים – הובסו, והארון נשבה (שמ"א ד-ו). אלא הכוונה לארון אחר שבו היו "השם וכינוייו" (סוטה מב, ב; מדרש תנאים דברים כ, ד). לרבי יהודה בן לקיש היה זה הארון שעשה משה, ובתחילה הניחו בו את הלוחות, ולאחר שבצלאל בנה את ארון הברית, הלוחות הועברו אליו, ועם הארון שעשה משה היו יוצאים למלחמה (תוס' רא"ש סוטה מב, א). ולחכמים, היה זה ארון מיוחד שהוכן עבור היציאה למלחמה, שבו הונחו ה'אורים ותומים' (ראו תוספתא סוטה ז, יז-יח; ירושלמי שקלים ו, א; סוטה ח, ג; אברבנאל במדבר י, יא; קרבן העדה ירושלמי שקלים שם; פני משה סוטה שם).
במלחמת עמלק, כשעוד לא היה ארון שייצא עם ישראל למלחמה, עלה משה עם מטה האלוהים בידו על ראש הגבעה שמעל מקום המלחמה, והנפת ידיו עם המטה שימשה מעין דגל (שמות יז, ח-טו, מדרש שכל טוב וחזקוני שם. ראו משנה ר"ה ג, ח).