סגולתה של ארץ ישראל, שהיא ארץ הקודש. אע"פ שהיא ארץ גשמית – היא קודש. כלומר הקדושה יכולה להתגלות בה, ודבר ה' מתגלה על ידה. לשם כך ה' ברא אותה. ולכן מצווה על עם ישראל ליישב אותה, לבנות בה בתים ולנטוע בה עצים. לכן גם פירותיה קדושים, ונצטווינו להפריש מהם תרומות ומעשרות.
בעלי אמונה מצומצמת סבורים שהאמונה נשענת על ניסים, וככל שיהיו יותר ניסים כך האמונה תגדל. לכן הטבע בעייתי עבורם, מפני שהוא מפריע לאמונתם. לפי קוצר דעתם, אלוהים מתגלה רק במה שמעבר לטבע, וכדי להתחזק באמונה הם משתדלים לתאר כל דבר בדרך נס. גם המדע בעייתי בעיניהם, מפני שהוא מבטא את גדולת החכמה שבטבע ולא את הנס. אולם יש בעמדתם בחינה של כפירה ואליליות, לפיה כביכול הטבע והמדע מנותקים מה' ולא ה' ברא אותם. מנגד, יש אנשים שמסתפקים בהסברים המוגבלים של חוקי הטבע תוך התעלמות מהבורא שבראם. לעומת שתי הדעות המוטעות, האמונה השלימה היא לדעת שה' ברא את כל חוקי הטבע, ונתן לאדם חכמה להבין אותם ועל ידי כך ליישב את העולם. מתוך כך, בעלי האמונה השלימה שואפים לגלות על ידי הדרכת התורה את הערך המקודש שבכל דבר שנמצא בטבע (ראו פנה"ל אמונה ומצוותיה יח, א-ב).
מכאן אפשר להבין את חשיבותה ומרכזיותה של מצוות יישוב הארץ, שכן מצווה זו מדריכה אותנו לגלות את כל הערכים שבתורה בתוך המציאות הארצית, עם כל השיקולים הארציים המציאותיים. לפי התפיסה המצומצמת, המצווה צריכה להתגלות בלי להתייחס לשיקולים הריאליים, שכן אם נצטווינו לכבוש את הארץ, הרי שצריך לכובשה בלא התחשבות ביכולתנו הצבאית אל מול הכוחות שעומדים נגדנו. ומכיוון שתפיסה זו מנוגדת להיגיון ולא ניתן להגשימה, הדוגלים בה מבטלים את מצוות יישוב הארץ וטוענים שהיא תתקיים על ידי המשיח בדרך נס. אולם התורה מלמדת אותנו שבארץ ישראל אין נזקקים לניסים, שכן הקדושה מתגלה בארץ, ולכן המצווה היא שעם ישראל יכבוש את הארץ על ידי צבא וחיילים ויְיַשב אותה בדרכי הטבע (ראו פנה"ל אמונה ומצוותיה יח, יב-טו). לכן בעת הכניסה לארץ הניסים שליוו את ישראל במדבר התבטלו. ה' כבר לא סיפק לישראל מן ושְׂלָו בדרך ניסית, ועמוד האש והענן כבר לא ליוו את ישראל. כי בארץ צריכים ישראל לגלות את הקדושה דרך הטבע, וכל הניסים שהתרחשו בארץ נועדו להשריש רעיונות גבוהים כדי לתקן את הטבע ולרוממו, אבל הם אינם כאלה שבלעדיהם לא ניתן להתקיים (ראו פנה"ל שם יח, ג-ה). וכן למדנו בחומש הפקודים, שה' ציווה את ישראל להתכונן לכיבוש הארץ כדרך שעמים כובשים את ארצם. ועל כן ציווה את משה לספור את כל יוצאי הצבא, הגברים מגיל עשרים שנה ומעלה.
אמנם בחוץ לארץ מוכרחים להיאחז בניסים. שהואיל ולא ניתן לגלות במציאות את הערכים האלוהיים, ועם ישראל נמצא בגלות ובהשפלה, רק בנס החורג מהטבע ניתן לראות את דבר ה', ורק על ידי נס עם ישראל שרד את כל הרדיפות. וכן כתב מרן הרב קוק זצ"ל (אורות התחיה כח): "הקדושה שבטבע היא קדושת ארץ ישראל, והשכינה שירדה בגלות עִם ישראל, הוא הכשרון להעמיד קדושה בניגוד לטבע. אבל הקדושה הלוחמת נגד הטבע אינה קדושה שלמה".