במקביל להדרכה שהובאה במשנה במסכת אבות (ה, כא), בשם התנא יהודה בן תימא: "בן חמש שנים למקרא, בן עשר למשנה… בן חמש עשרה לתלמוד", מובאת הדרכה נוספת (קידושין ל, א), בשם התנא רבי יהושע בן חנניא: "לעולם ישלש אדם שנותיו: שליש במקרא, שליש במשנה, שליש בתלמוד".
כלומר, ההדרכה הטובה לתלמידי חכמים, לחלק את הלימוד לשלושה חלקים שווים: שליש למקרא, שליש להלכה, ושליש ללימוד טעמי ההלכה וסברותיה. ואף שהזמן הנצרך ללימוד התנ"ך מועט מהזמן הנצרך ללימוד ההלכה, והזמן הנדרש לשניהם מועט מהנדרש לתלמוד, הכוונה היא שבתחילה, כדי לבסס את ידיעת שלושת חלקי התורה, צריך לחלק את הלימוד לשלושה חלקים שווים. ולאחר שיֵדע את התנ"ך יוכל להקדיש ללימודו פחות זמן, וכן לאחר שיֵדע את ההלכה למעשה, יקדיש לה פחות זמן, ואז עיקר לימודו יופנה לתלמוד, שהוא העיון בסוגיות ההלכה והעמקה במקרא ובאגדה (רמב"ם ת"ת א, יא-יב; שו"ע יו"ד רמו, ד; שועה"ר הל' ת"ת ב, ב).
ויש אומרים, שאין כוונת חכמים לחלק את הלימוד לשלושה חלקים שווים, אלא שנכון לכל אדם ללמוד במהלך השבוע בכל אחד משלושת התחומים (ר"ן ע"ז בדפי הרי"ף ה, ב). וכן סובר רבנו תם, אלא שלדעתו בלימוד התלמוד הבבלי יוצאים ידי הדרכת חכמים, שכן בלולים בו מקרא, משנה ותלמוד (תוס' סנהדרין כד, א). וכן נוהגים רבים מישראל, וכן כתבו כמה פוסקים (רמ"א יו"ד רמו, ד; ש"ך ה). וזאת בתנאי שכאשר לומדים בתלמוד את פירושי הפסוקים, מתבוננים במשמעותם, ובכל סוגיה מגיעים אל המסקנה ההלכתית, וכך לימוד התלמוד אכן כולל גם מקרא והלכה.
עוד הדרכה חשובה אמרו חכמים (ע"ז יט, א): "אין אדם לומד תורה אלא ממקום שלבו חפץ", שנאמר (תהלים א, ב): "כִּי אִם בְּתוֹרַת ה' חֶפְצוֹ, וּבְתוֹרָתוֹ יֶהְגֶּה יוֹמָם וָלָיְלָה". שכן כאשר אדם לומד בנושא ובספר שהוא חפץ בו, הוא מסוגל ללמוד ביתר שקידה והבנה, ויכול להתקשר יותר אל תלמודו, לשמוח בו ולזכרו (רש"י שם). הדרכה זו היא הן על הספר שהלומד חפץ בו והן על התחום שהוא חפץ בו, כגון: הלכה או גמרא, אגדה או תנ"ך; עיון עמקני או דקדקני; הלכות שבת או הלכות ממונות; ראשונים או אחרונים, וכיוצא בזה. הוסיפו וביארו, שמן הסתם המקום שאליו אדם נמשך הוא המתאים יותר לשורש נשמתו, ועל ידי לימודו יגלה את האות המיוחדת שלו בתורה (שבט מוסר א; אדיר במרום עמ' עא; שם עולם ל'חפץ חיים' א, יג; אורות התורה ט, יב).
אמנם החובה הקודמת היא להקיף את יסודות התורה, ולכך צריכה להיות מכוּונת תוכנית הלימוד לילדים ולנערים. אלא שגם בימי הנעורים ראוי להקצות זמנים שבהם הילדים והנערים ילמדו בספרים שליבם חפץ. וכן מבוגרים שכבר למדו את יסודות התורה, צריכים ללמוד בספרים שליבם חפץ, יחד עם קביעת סדרים לחזרה על יסודות התורה כדי שלא ישכחום (חיד"א חומת אנך תהילים א, ב. עי' אורות התורה ט, יב; פנקסי הראי"ה טז, ג).
עוד אמרו (ע"ז יג, א), שלא מכל רב אדם זוכה ללמוד, ולכן מותר לצאת לחוץ לארץ כדי ללמוד תורה אצל רב שמתאים לו, אף שיש רב כמותו בארץ (שו"ע יו"ד שעב, א). וכן תלמיד שרוצה ללכת למקום שבו יש רב שלדעתו יוכל ללמוד אצלו יותר, ואביו מוחה בו לפי שדואג לשלומו, אינו צריך לשמוע לאביו (תרוה"ד מ; שו"ע יו"ד רמ, כה).