כדי להבין פן נוסף בקושי לקיים את המצווה להקיף את התורה, צריך להרחיב מעט אודות ה'תלמוד הבבלי' שנקרא בלשון ארמית 'גמרא', שלמעשה, במשך דורות רבים רוב לימוד התורה נעשה בו וסביבו. ב'תלמוד הבבלי' נאספו מיטב דיוני האמוראים מארץ ישראל ומבבל סביב ההלכה שבמשנה. לעיתים הדיון עוסק בחיפוש הפסוק שממנו למדו חכמים את ההלכה, ולעיתים בהגדרה המדויקת של ההלכה. לעיתים כאשר יש במשנה מחלוקת, הדיון עוסק בהגדרת גבולות המחלוקת, ובבירור הסברות שעומדות בבסיסה. פעמים שהדיון הוא בין רב לתלמיד, ופעמים בין שני רבנים. לעיתים הדיון מתנהל בניחותא ולעיתים בוויכוח. לעיתים הדיון נמשך כמה דורות, עד שלבסוף נפסקה הלכה כאחת הדעות, ובתוך כך למדנו את השיקולים שהובילו לפסיקת ההלכה. מתוך העיסוק בהלכה שבמשנה, פעמים רבות הדיון מסתעף לעיסוק בנושאים הלכתיים קרובים ורחוקים. פעמים שהדיון מתחיל מהצגת פסק של אחד האמוראים, ולעיתים מתואר מקרה שעורר דיון הלכתי בבית המדרש.
בתלמוד כלולים גם דברי אגדה ומוסר, שמבוססים על דרשות הפסוקים או על שמועות מרבנים. לעיתים דברי האגדה מובאים תוך סיפור אודות תנאים (חכמי המשנה) ואמוראים (חכמי התלמוד), ולעיתים תוך בירור מעשיהם ואופיים של גדולי ישראל שבתנ"ך, כמו גם החוטאים שהוזכרו בתנ"ך. אולם אחר הכל, עיקר התלמוד עוסק בבירור ההלכה ממקורה ודיוק סברותיה. ובכך מתמקדים רוב מפרשי התלמוד, הראשונים והאחרונים. כהמשך לכך, כתבו הראשונים תשובות הלכתיות לשאלות שהתעוררו בימיהם, כאשר תשובות הראשונים נשענות על בירור סוגיות התלמוד, ותשובות האחרונים על בירור סוגיות התלמוד יחד עם דעות הראשונים. כל התשובות הללו כתובות בסגנון של התלמוד.
המיוחד בתלמוד, שהזוכה לרכוש את המיומנות המורכבת שבלימודו, כמו נכנס לעולמם של חכמים ומשתתף עמהם בדיון, שמנוסח בשפה קצרה, מדויקת ועשירה. והדיון חי, מרתק ומלא הפתעות. לעיתים הסוגיה עוסקת בסברות ולעיתים בבירור מדוקדק של פסוקים, מילים והטיות. כיוון שמדובר בדיון, הלומדים המעמיקים כמו נקראים לשאול: מדוע נטענה טענה מסוימת ולא אחרת? ובתוך כך מגלים משמעויות נוספות. כך לימוד התלמוד מושך את הלבבות ומאתגר את הלומדים המוכשרים.
אולם כאמור, במשך הדורות הדיונים התרחבו עד שלא ניתן להקיף את כולם, וכאן עומדים לומדי התורה בדילמה: מחד, הלימוד העמוק והמעניין ביותר הוא לימוד התלמוד עם מפרשיו. מאידך, הלימוד החשוב יותר, שאותו חובה ללמוד תחילה, הוא הלימוד המכוּון לידיעת כל יסודות התורה, תוך הדגשת הנושאים שקשורים יותר להלכה ולמעשה.
בפועל, למרות שגדולי ישראל עוררו את הלומדים להקדים את לימוד ההלכה, ובלימוד התלמוד ללמוד אליבא דהלכתא, רבים מעדיפים ללמוד את התלמוד עם מפרשיו בעיון ובפלפול בלא קשר להלכה. יש מהרבנים שאף מעודדים זאת, משום שלדעתם על ידי לימוד התלמוד בעיון מתקשרים יותר לדרכי החשיבה התלמודית. אולם התוצאה היא, שהלומד בשיטה זו, אף אם ילמד כל ימי חייו, לא יקיף את כל התורה. ואם יֵצא מבית המדרש לחיי המעשה, אף שהשקיע שנים רבות בלימוד, פעמים רבות ימצא שאין בידו כלים להתמודד עם אתגרי החיים כראוי.[6]
[6]. כתב הריב"ש רעא, שאין מעלה ברב חריף שיודע לפלפל, כי פעמים החריפים טועים, והעיקר שהרב יֵדע את הסוגיה להלכה. וכתב בלקט יושר (ח"א עמ' מד), בשם תרומת הדשן, "שאין הפלפול כדאי לברך עליו ברכת התורה". וכתב הרמ"א (יו"ד רמב, ל), שהמצווה לכבד רב מובהק מתייחסת לרב שלימדו הלכה ולא פלפול, והוסיף הלבוש שם, שזאת מפני שהמלמדו פלפול אינו מביאו לחיי העולם הבא. ובשכנה"ג (הגה"ט או"ח קלה, ט) כתב שיש להקדים לכבד מורה הוראה לת"ח שמעיין אך אינו מורה הוראה. המהר"ל (דרך חיים אבות ו, ה), הביע צער על השנים שבהן למד בפלפול, "ולא זכיתי בעַוֹנותַי העצומים לראות… (את הדברים שכתב אורחות צדיקים בגנות הפלפול), שהוא היה מוציא אותי מן המכשול הזה שהיה תחת ידי יותר מכל, תהא צערי כפרתי ותקון עויי שהעויתי". וב'נתיבות עולם' (נתיב התורה ה) אף התרעם על שבמקום ללמוד את הש"ס עם פירוש רש"י והרא"ש שמבאר את ההלכה, לומדים תוספות, שיש בהם תוספת עיון אך אינם העיקר. וכ"כ בעל כלי יקר ב'עמודי שש' (מוסר עמוד התורה): "ואף שגם אני למדתי החִלוקים, מ"מ אקוה לאל שפלפולי היה קרוב לפשוטו, וקרוב אל האמת, ופלפול כזה אין להרחיק כל כך, כי יש קצת תועלת מפלפול כזה. אבל מ"מ טוב שלא ללמדם כלל, כי כל אחד אומר: האמת אתו, ולכן טוב לבטלם מכל וכל, וכל שכן השקר המפורסם לכל". וכ"כ השל"ה (מס' שבועות נר מצווה כה; כט), שצריך להתרחק מפלפולים של הבל שמצויים אצל הלומדים, שמעורבים בהם דברים שאינם אמת. והצטער על השנים שבהן למד בפלפול, והתוודה על כך בספרו כדי שלא ייכשלו בזה אחרים. כלומר, העיון הנכון צריך להיות לשם הבנת הסוגיה להלכה. וכ"כ מהרש"א (ב"מ פה, א), חוות יאיר קכד, לחם שמים (ו, ה), הגר"א (הקדמת בניו לביאורו לשו"ע), ר' חיים מוולוז'ין (הקדמתו לביאור הגר"א), חיי אדם בהקדמתו, הקדמת בית דוד, הקדמת מנחת יהודה, יסוד ושורש העבודה (ו, ו), שו"ת תשובה מאהבה בפתיחה, הרב מליסא בצוואתו (נחלת יעקב עמ' קפב), דברי חיים (יו"ד ב, מז), מרן הרב קוק (אדר היקר ד; פנקסי הראיה ד, עמ' תקא; 'סדר הלימוד המיושר' בהוצאת הלכה ברורה), הרב אריה קרלין (הקדמה ללב אריה), חזו"א (אמונה וביטחון ג, יח), הקדמה ליבי"א ח"א, ועוד רבים מאוד.
למרות דברי גדולי ישראל מכל הדורות, בשבח הלימוד הישר אליבא דהלכתא, ובביקורת קשה על הרבנים שלימדו פלפול, בפועל, רבנים וראשי ישיבות רבים לימדו בעיקר שיעורי עיון ופלפול, ותלמידים רבים נהרו ללמוד אצלם, כי לימוד זה מושך יותר את חריפי השכל. אמנם כאשר העיון העמוק הוא ישר, בסגנון של בעלי התוספות, אף שאינו מכוּון להקפת התורה ולידיעת ההלכה, כפי עיקר תכלית הלימוד, הכל מסכימים שהוא מכין את התלמידים ללמוד היטב ובדייקנות 'אליבא דהלכתא' (עי' ספר סדר היום, 'סדר הלימוד'; תפארת ישראל אבות א, יז, אות סו). ויש אומרים שיש חשיבות רבה לעיון הפלפולי בחקירות מופשטות שהתחדש בדורות האחרונים בישיבות הליטאיות, שעל ידו עומדים על שורש הסוגיה, והוא מעורר את כוחות היצירה ומעניק מעוף ושאר-רוח ללומד, שחש על ידו את האמת האין-סופית שבתורה, ואף מגביר את החשק לעסוק בה (עי' הקדמת שו"ת בית הלוי; המידות לחקר ההלכה ח"א עמ' לא; חידושי שרידי אש ב, עמ' תב). ויש שפחות החשיבו את העיון שבישיבות הליטאיות, אך לימדו עליו זכות, שהוא כ'פרפראות' ללימוד העיקרי, כדברי מרן הרב קוק באדר היקר ד, ושבט מיהודה (עמ' שצב). (ראו שאגת אריה, שכתב בהקדמתו שהביא בספרו רק את החידושים שמכוונים להלכה, הרי שלימד עיונים רבים שאינם מכוונים). בפועל, קשה לשמור על המשקל המדויק, הואיל והעיון שאינו מכוּון ליושר ההלכה מושך את הלב, והמלמדו זוכה בדרך כלל ליותר תלמידים. כך יוצא, שבישיבות רבות לימדו ומלמדים עיונים רבים שאינם מכוונים להלכה. וכנגד זה יצאו גדולי ישראל שהוזכרו לעיל, והאחרונים שבהם התכוונו במפורש כנגד הלימוד העיוני שבישיבות הליטאיות.