מנהג קדום מתקופת הראשונים, שהנער עולה לתורה בשבת הראשונה אחר הגיעו למצוות (מנהגי מהרי"ל קריאת התורה ה), ונוהגים להעלותו לעליית 'מפטיר' כדי שיקרא את ההפטרה. בדורות האחרונים יש נוהגים ללמד את הנער לקרוא את כל הפרשה בציבור, כדי להרגילו להיות 'בעל קורא'. אבל צריך להשתדל שעול הקריאה לא יִכבַּד ויעיב על שמחת כניסתו למצוות. כמו כן, יש לבדוק אם הגיע לרמה הנאותה לקריאה בתורה, שאם לא כן, אין זה מכבוד הציבור שיקרא עבור כולם. מה עוד, שמסתבר שיטעה טעויות שבעטיין צריכים לחזור. ואם יחזירו אותו, תיגרם לנער עוגמת נפש ובושה. ואם לא יחזירו אותו, לדעת רבים לא יצאו ידי חובת קריאת התורה (ראו על כל זאת בפניני הלכה חפצי קודש טו, טז).
מנהג אשכנז, שהאב מברך בהגיע בנו לגיל מצוות: "ברוך אתה ה' אלוהינו מלך העולם שפטרני מעונשו של זה" (עיטור ג' הלכות מילה; תשב"ץ קטן שצ; מנהגי מהרי"ל קריאת התורה ה). מקור ברכה זו במדרש (ברא"ר סג, י; פסיקתא זוטרתא תולדות כה). משמעות הברכה, שעד גיל שלוש עשרה האב אחראי על מעשיו של בנו ונענש עליהם, ומעתה הבן אחראי על מעשיו. ויש מבארים, שבעוד הילדים קטנים, כיוון שהם אינם אחראים למעשיהם, אם הם עוברים ייסורים, הרי שזה בעוון הוריהם, ומעת שיגדלו האחריות עוברת אליהם, ועל כך שהאב נפטר מאחריות זו הוא מברך.
אמנם בקהילות רבות של יוצאי ספרד, לא נהגו לברך ברכה זו שלא נזכרה בתלמוד. ואף באשכנז היו שנהגו לאומרה בלא שם ומלכות, באופן שאינה נחשבת ברכה אלא הודאה.
למעשה ישנם שלושה מנהגים: א) מנהג רבים מיוצאי אשכנז לומר את הברכה בשם ומלכות (גר"א או"ח רכה, ב; ח"א סה, ג; עולת ראיה). והמנהג הרווח לאומרה לאחר סיום העלייה הראשונה של נער בר המצווה לתורה. ב) מנהג רבים מיוצאי אשכנז ויוצאי ספרד, לומר את הברכה בלא שם ומלכות. יוצאי אשכנז אומרים אותה אחר העלייה לתורה, ויוצאי ספרד בסעודה (רמ"א או"ח רכה, ב; לבוש, דה"ח, בא"ח ראה יז; יבי"א ח"ו או"ח כט). ג) מנהג רבים מעולי צפון אפריקה ותימן ועוד קהילות של יוצאי ספרד, שלא לומר ברכה זו כלל (זוכר ברית אבות עמ' ל; עלי הדס יח, ט; כתר שם טוב עמ' שיח).
הנחת תפילין: החינוך לכל מצווה הוא משעה שהקטן יכול להבין את כללי המצווה ולקיימה כהלכתה, כל מצווה לפי מורכבותה וקושי קיומה (סוכה מב, א; מ"ב שמג, ג; פנה"ל שבת כד, א). יש נוהגים כך גם לגבי תפילין, ומעת שהאב מעריך שבנו מסוגל לשמור את גופו נקי, מתחיל לחנכו להניח תפילין. אולם המנהג הרווח לדחות את החינוך לתפילין עד סמוך לבר המצווה. משום שהנחת התפילין צריכה להתקיים ביראת כבוד, תוך שמירה על גוף נקי ובלא היסח הדעת, וקשה לחנך ילדים לכך. בפועל, יש נוהגים שהנער מתחיל להניח תפילין חודש לפני בר המצווה, ויש מקדימים ומניחים חודשיים או שלושה לפני בר המצווה. וכל הורה יכול לבחור כיצד לנהוג לפי מה שמתאים לבנו (ראו פנה"ל חפצי קודש ג, יט). רבים נוהגים לציין את תחילת קיום מצוות הנחת התפילין באירוע חגיגי.