מלאכת 'מרקד' היא מלאכת ניפוי הקמח. לאחר גמר טחינת הקמח, נותרים בקמח חלקיקים גסים שנקראים סובין, שמקורם בקליפת גרגיר החיטה. כדי להפריד את הקמח מהסובין, מרקדים את הקמח בנפה, הסובין נותרים למעלה, והקמח יורד דרך המסננת שבנפה. כמו כל המלאכות שרגילים לעשות לימים רבים, גם מלאכה זו אסורה ביום טוב.
אמנם כאשר הקמח כבר מנופה, ורוצים לחזור ולנפותו כדי לייפותו לקראת הלישה, או כדי להוציא ממנו צרור או קיסם שנפל בו, אין בכך איסור. אלא שכדי שיהיה ברור שמדובר בניפוי שנועד לאכילת אותו היום, אמרו חכמים שצריך לשנות מעט בדרך הניפוי, שאם רגילים לנפות לתוך קערה, ינפו על השולחן, או שינפו על נפה הפוכה (ביצה כט, ב; שו"ע תקו, ב). וכן הדין לגבי קמח שאנו קונים בחבילות, שהואיל והוא מנופה היטב, מותר ביום טוב לחזור לנפותו בשינוי מועט כדי לבודקו מתולעים או כדי לייפותו.[4]
מלאכת 'לישה' לצורך אכילה באותו יום מותרת ביום טוב, לפיכך מותר ללוש בצק כדי לאפות לחמים ועוגות. וכן מותר להכין פירה על ידי עירוב של מים ואבקת פירה. אבל אסור ללוש לצורך הכנת מאכלים לחול או לנכרים או לבעלי חיים. וכמובן שאסור ללוש מים ועפר כדי לעשות לבנים (מלאכת לישה מבוארת בפניני הלכה שבת יב, ג-ז).
אם היה בעיסה שיעור החייב בהפרשת 'חלה', צריך להפריש ממנה 'חלה' בגמר הלישה[5]. ואף שחכמים אסרו להפריש תרומות ומעשרות ו'חלה' בשבת ויום טוב, מפני שהמפריש נראה כמתקן את הפירות, שבלא ההפרשה הפירות והמאפים אסורים באכילה. מכל מקום כאשר העיסה נילושה ביום טוב, מותר להפריש ממנה 'חלה'. שהואיל וחיוב ה'חלה' חל ביום טוב, אין אפשרות להפריש 'חלה' לפני כן, ובלא הפרשת ה'חלה' אסור לאכול מהמאפים, נמצא שההיתר להכין מאפים לצורך סעודת יום טוב כולל גם היתר להפריש 'חלה' (ביצה לז, א; שו"ע תקו, ג).
בזמן שהכהנים היו טהורים, היו מביאים להם את ה'חלה' ביום טוב כדי שיאכלו ממנה. אבל בזמן הזה, שהכהנים טמאים ואינם רשאים לאכול 'חלה', ביום חול רבים נוהגים לשרוף את ה'חלה' כדי שלא יטעו ויאכלו ממנה. אבל ביום טוב אסור לשרוף את ה'חלה', מפני שאין בשריפתה צורך יום טוב, אלא נכון לעוטפה בנייר ולהניחה בפח. וכאשר יש בפח דברי טינוף, כדי לשמור על כבודה של ה'חלה', יש לעוטפה בשתי עטיפות לפני הנחתה בפח. לאחר הפרשת ה'חלה', היא נעשית מוקצה, אלא שכל עוד היא בידו של המפריש, מותר לו לעוטפה ולקחתה אל המקום שבו הוא רוצה להניחה (שו"ע תקו, ד; מ"ב כט).