כך הוא סדר פדיון בכורות: לאחר תחילת הסעודה, נותן האב את בנו הבכור לכהן, והכהן פונה אל האב בשאלה: מה אתה רוצה יותר, את בנך בכורך או חמישה סלעים (כך נקראו שקלי הקודש בימי חכמים) שאתה חייב לתת כדי לפדותו? והאב משיב: את בני בכורי אני רוצה יותר. לאחר מכן האב מברך שתי ברכות: א) בָּרוּךְ אַתָּה ה' אֱלוֹהֵינוּ מֶלֶךְ הָעוֹלָם, אֲשֶר קִדְּשָנוּ בְּמִצְוֹתָיו, וְצִוָנוּ עַל פִּדְיוֹן הַבֵּן. ב) בָּרוּךְ אַתָּה ה' אֱלוֹהֵינוּ מֶלֶךְ הָעוֹלָם, שֶהֶחֱיָנוּ וְקִיְמָנוּ וְהִגִיעָנוּ לִזְמַן הַזֶה". ומיד אחר כך אומר לכהן: "הנה לך חמישה הסלעים שהתחייבתי בהם", ונותן לכהן את דמי הפדיון. אחר כך נוטל הכהן כוס של יין ומברך "בורא פרי הגפן" ושותהו. יש נוהגים שהכהן לוקח הדס, ומברך עליו "בורא עצי בשמים" ומריח ממנו (מנהג ספרדים), ויש שלא נהגו ליקח הדס (מנהג אשכנזים). לאחר מכן הכהן מברך את הבן בברכת כהנים ומחזירו לאב (טור עפ"י מנהג הגאונים).
רבים שאלו, מה פשר שאלת הכהן את האב – במה אתה רוצה יותר, בבנך או בחמשת הסלעים, וכי היכן מצינו שהברירה ביד האב להחליט? הרי הלכה פסוקה, שגם אם האב אינו רוצה לפדות את בנו, ורוצה להניחו ביד הכהן – אינו רשאי. מפני שגם לפני הפדיון, הבן אינו שייך לכהן. פירש בעל 'ערוך-השולחן' (יו"ד שה, לו), שלולא הפדיון, היה הבן הבכור צריך להיות מיועד רק לעניינים שבקדושה, משום שכאשר ניצלו בכורי ישראל ממכת בכורות במצרים, יועדו לעבודת ה', עד שאסור להם לעשות דבר שאינו בקדושה. וזה מה ששואל הכהן את אבי הבן, מה אתה מעדיף יותר, את בנך בכורך שיוכל לנהוג ככל האנשים העוסקים במלאכתם ותפדהו על ידי חמישה סלעים, או שאתה מעדיף את חמשת הסלעים והבן ייועד רק לעניינים שבקדושה. וכמובן שכל אב מעדיף לפדות את בנו כדי שיוכל לנהוג ככל האדם.
