נהגו לומר פסוקים תוך כדי פתיחת הארון, הוצאת ספר התורה והולכתו לתיבה, וכן בעת החזרתו, כמודפס בסידורים, כל עדה לפי מנהגה. אמנם נראה שאין לחזן להתעכב באמירת הפסוקים בעצמו, שכן אחר שלמדנו שהקפידו חכמים שלא להטריח את הציבור, לא נכון שהחזן ומוציא הספר יעכבו את התפילה כדי שיספיקו לאומרם בעצמם.[3]
הנהיגו הגאונים לומר חצי קדיש אחר סיום הקריאה בתורה, כפי שנוהגים לומר אחר אמירת פסוקים. ואין אומרים שם קדיש שלם כפי שמקובל לומר אחר פסוקים, כדי שלא להפסיק יותר מדי בין התפילה לקדיש 'תתקבל' שאחר 'ובא לציון'.
יש נוהגים להחזיר את ספר התורה לארון אחר הקריאה בתורה ולפני אמירת 'אשרי' (אשכנז, ומקצת מיוצאי ספרד). ויש נוהגים להחזירו לאחר 'ובא לציון' וקדיש 'תתקבל' (רוב יוצאי ספרד ומנהג 'ספרד' האשכנזי).
[3]. במסכת סופרים יד, ד-ה, מובאים כמה פסוקים שאומרים בעת הוצאת ספר התורה, הולכתו והחזרתו. ונראה שאמירתם היא מנהג שאינו חובה, ולכן אין נוהגים לומר חלק מהפסוקים שנזכרו שם, ובמקומם נוהגים לומר פסוקים אחרים. ונראה שנהגו לאומרם כדי שלא להמתין בשתיקה בעת שמוציאים ומוליכים את ספר התורה, אבל לא התכוונו להטריח את הציבור ולהאריך את התפילה בהוספת פרקים לנוסח התפילה. ומעמדם נמוך מפרקי הקורבנות ופרשת העקדה ,שגם אותם רבים אינם נוהגים לומר. ולכן אין לחזן להתעכב כדי לאומרם. אמנם פסוקי 'גדלו' ו'יהללו' וכיוצא בזה, שהחזן אומר והקהל עונה כנגדו, נעשו כחובה, וצריך להקפיד לאומרם.
בריך שמיה: בזוהר פרשת ויקהל רו, א, מובא שנכון לומר בעת הוצאת ספר התורה תפילת 'בריך שמיה' שנזכרה שם. והאר"י נהג לאומרה בשחרית של שבת (שער הכוונות עניין הס"ת עג, ד). וכן עולה מהזוהר שם, שעוסק בענייני השבת (מ"א רפב, הקדמה; מחזיק ברכה ב). מנהגו התפשט ברוב קהילות ישראל. יש מהן שנהגו לאומרה רק בשחרית של שבת, כמנהג האר"י (מ"א שם. וכן מנהג רוב עולי תימן ורבים מעולי מרוקו), ויש אומרים שעיקר אמירתה במנחה של שבת (אגרות הרמ"ז טו). ובקהילות רבות של יוצאי ספרד והמזרח נהגו לאומרה בשחרית ובמנחה של שבת. ורבים נהגו לאומרה גם בשחרית של חגים אך לא בחול, ויש נהגו לאומרה בכל שחרית שאומרים בה מוסף ובכלל זה ר"ח (עי' רב פעלים ג, סוד ישרים ח; כה"ח קלד, יא; יבי"א ה, או"ח ח, ד; סידור תפילת החודש החדש). ויש מהם שכתבו שאין מניעה לאומרה בחול (כה"ח, רב פעלים ויבי"א שם). גם במזרח אירופה התפשט המנהג לומר תפילה זו, ושם אף התפשט בהמשך המנהג לאומרה גם בימות החול (פמ"ג א"א קלד, ו; מחה"ש רפב, הקדמה; מ"ב קלד, יג). גם מיוצאי ספרד יש שכתבו לאומרה גם בחול (פתח הדביר קלד, ב). לעומת זאת, במערב אירופה ובגרמניה לא נהגו לאומרה, מפני שסברו שאין לשנות את נוסח התפילה, ואין לשלב חלקים מסתרי תורה בתפילה, וגם מפני טענות על משפטים שבה. וכן נוהגים יוצאי תימן ההולכים בשיטת הרמב"ם. ויש שגם בישיבות ליטא לא נהגו לאומרה כלל. וכן ה'חפץ חיים' לא נהג לאומרה, אף שכתב את המנהג במ"ב קלד, יג (על כל זאת ב'שרשי מנהג אשכנז' לרב בנימין שלמה המבורגר, ח"א עמ' 158-186).
לכן נראה שבמניין שמשותף גם לבני קהילות שבהן לא נהגו לאומרה (יוצאי ספרד בימות החול, יוצאי תימן במנחה של שבת, ויוצאי מערב אירופה אף בשחרית של שבת), נכון שהחזן לא יתעכב לומר 'בריך שמיה', והרוצים יאמרו אותה בזמן הפנוי מעת שמתכוננים לפתיחת הארון ועד תחילת הקריאה בתורה. שכן לפי המנהג, מי שלא הספיק לאומרה בעת פתיחת הארון יכול להשלים אמירתה עד שיתחילו לקרוא בתורה (מ"ב קלד, יג).