בשלושה בתשרי נהרג גדליה בן אחיקם. אחר חורבן בית המקדש הראשון והגליית רוב העם לבבל, מינה מלך בבל את גדליה בן אחיקם למושל על היהודים שנותרו ביהודה. בשארית הפליטה שביהודה נתלו תקוות גדולות, שעל ידי התבססותם בארץ, יוכלו יחד עם השבים מבבל אחר שבעים שנה להקים מחדש את בית המקדש ולקומם את מלכות ישראל. ואכן לזמן מה היה נראה כי דלת העם שנשארו בארץ מתאוששים מהחורבן ומעבדים את שדותיהם וכרמיהם.
אולם מלך בני עמון שרצה להשבית את שארית ישראל, שלח את ישמעאל בן נתניה לרצוח את גדליה בן אחיקם. לישמעאל בן נתניה היתה גם סיבה אישית לבצע את זממו, הוא היה ממשפחת מלכי יהודה, וחשב בליבו כי לו עצמו מגיעה הזכות לשלוט ביהודה במקום גדליה בן אחיקם. כמה משרי החיילים שהיו עם גדליה בן אחיקם הזהירוהו מפני ישמעאל, ואף הציעו להרוג אותו בטרם יבצע את זממו. אולם גדליה בן אחיקם לא האמין להם והאשימם כמי שטופלים שקר על ישמעאל. "וַיְהִי בַּחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי בָּא יִשְׁמָעֵאל בֶּן נְתַנְיָה בֶן אֱלִישָׁמָע מִזֶּרַע הַמְּלוּכָה, וְרַבֵּי הַמֶּלֶךְ וַעֲשָׂרָה אֲנָשִׁים אִתּוֹ אֶל גְּדַלְיָהוּ בֶן אֲחִיקָם הַמִּצְפָּתָה, וַיֹּאכְלוּ שָׁם לֶחֶם יַחְדָּו בַּמִּצְפָּה. וַיָּקָם יִשְׁמָעֵאל בֶּן נְתַנְיָה וַעֲשֶׂרֶת הָאֲנָשִׁים אֲשֶׁר הָיוּ אִתּוֹ, וַיַּכּוּ אֶת גְּדַלְיָהוּ בֶן אֲחִיקָם בֶּן שָׁפָן בַּחֶרֶב וַיָּמֶת אֹתוֹ… וְאֵת כָּל הַיְּהוּדִים אֲשֶׁר הָיוּ אִתּוֹ… וְאֶת הַכַּשְׂדִּים אֲשֶׁר נִמְצְאוּ שָׁם" (ירמיהו מא, א-ג). ובזה נתבטלה הגחלת האחרונה של שלטון ישראל בארץ, ונתמלאה סאת הגלות. ועל כך תקנו הנביאים צום.
אמנם ישנו ספק מסוים מתי בדיוק אירעה רציחתו של גדליה. בתלמוד אמרו שביום ג' בתשרי נהרג גדליה בן אחיקם (ר"ה יח, ב; ירושלמי תענית פ"ד ה"ה). אולם יש מן הראשונים שפירשו כי נהרג בא' בתשרי, ומכיוון שהוא יום טוב של ראש השנה, דחו את התענית לג' בתשרי.[3]
עוד אמרו חכמים שניתן ללמוד מתקנת צום גדליה ששקולה מיתתן של צדיקים כשריפת בית אלוהינו (ר"ה יח, ב).
