לעיתים גופו של האדם נעשה חולה והוא נצרך לעסוק ברפואתו, וראוי לו לדעת ששורש המחלה נעוץ בחסרון רוחני, שנגרם על ידי חטא או מפני שהיה צריך לעלות למדרגה גבוהה יותר, וכיוון שלא עלה, באו עליו יסורים לזככו ולרוממו. לכן יחד עם זה שעליו ללכת לרופא ולהיעזר בתרופות כדי להבריא בדרכים טבעיות, עליו לערוך חשבון נפש, כדי לבחון את שורש מחלתו, וכפי שאמרו חכמים (ברכות ה, א): "אם רואה אדם שיסורים באים עליו – יפשפש במעשיו". וזה היה חטאו של המלך אסא, שגם לאחר שנחלה בחטאיו, שלח לדרוש ברופאים ולא חזר בתשובה ופשפש במעשיו, שנאמר (דברי הימים ב' טז, יב): "וְגַם בְּחָלְיוֹ לֹא דָרַשׁ אֶת ה' כִּי בָּרֹפְאִים".
גם כאשר הרופאים בטוחים שרפואה מסוימת תעזור לחולה, עדיין יש בדבר ספק, הן מצד שגוף האדם מורכב ואין לרופאים אפשרות לעמוד על כל התהליכים שמתחוללים בו, והן מצד ששורש המחלה נעוץ בנפש. ועל כן בלא עזרה משמיים שום רפואה לא תועיל, וזהו שתקנו חכמים להתפלל לה' שהטיפול הרפואי יצליח, ומתוך כך נתעורר לתשובה.
לפיכך, חולה הנכנס לטיפול רפואי, יאמר לפני כניסתו: "יהי רצון מלפניך ה' אלוהי שיהא עסק זה לי לרפואה, כי רופא חינם אתה". ובריא שרוצה להדר ולומר זאת גם לפני טיפול כנגד מיחוש שהוא סובל ממנו, או לפני שהוא לוקח כדור כנגד כאב ראש וכדומה, תבוא עליו ברכה.
לאחר הטיפול, אם היתה בו סכנת חיים, כמו צינתור, אירוע מוחי או ניתוח בהרדמה מלאה, מברכים: "ברוך אתה ה' אלוהינו מלך העולם רופא חולים". ולאחר טיפול שלא היתה בו סכנה, אומרים: "ברוך רופא חולים" (מרן הרב קוק). ומנהג יוצאי ספרד, גם לאחר טיפול שיש בו סכנה, לומר את הברכה בלא שם ומלכות, והרוצה לסמוך על מרן הרב קוק, רשאי.[5]
