הסוג השלישי: חולה במקצת גופו, היינו מי שמתהלך כבריא אבל סובל מחולי או מיחוש מסוים. כל איסורי חכמים חלים עליו כמו על אדם בריא, ואפילו איסורי חכמים קלים שנקראים 'שבות דשבות' אין עושים למענו. אבל אם הוא מצטער, מותר לעשות למענו דברים שאסורים מחמת 'שבות דשבות', היינו דברים שאסורים מדברי חכמים על ידי גוי או בשינוי. ובדינים אלו יום טוב שווה לשבת (שו"ע שז, ה; מ"ב שכח, ג; פ"ה שבת ט, יא; כח, ג).
אמנם לגבי נטילת תרופות יש הבדל. שכן איסור נטילת תרופות תלוי במחלוקת שהוזכרה בסעיף הקודם, שגזרו חכמים שלא ליטול תרופות בשבת שמא יבוא לשׁחוק סממנים ויעבור על מלאכת 'טוחן'. ואם כן לדעת המתירים, כיוון שביום טוב מותר לשׁחוק פלפלים לצורך אכילה, מותר גם לשׁחוק סממנים לצורך תרופה, וממילא מותר ליטול תרופות. ולדעת המחמירים, היתר המלאכות ביום טוב הוא רק לצורך בריאים ולא לצורך חולים, כי צורך חולים אינו שווה לכל נפש, וממילא אסור מדברי חכמים ליטול תרופות שמא יבוא לשׁחוק סממנים. ומכל מקום, כיוון שאיסור נטילת תרופות מדברי חכמים, ספק דרבנן לקולא, והלכה כדברי המקילים, ומותר ליטול תרופות ביום טוב ללא הגבלה, בין בבליעה ובין בשתייה. וכן מותר לסוך נוזל רפואי על הגוף.[2]