אף שמצוות השחיטה היא מצווה אלוקית שאין אנו יכולים להבין את מלא טעמה, ברור שיש בהלכות שחיטה ביטוי לרחמנות, וכפי שמבואר בספרו המקיף של הרב ד"ר לוינגר ('השחיטה וצער בעלי חיים'), שהשחיטה היא הדרך הקלה ביותר להמתת בעל חיים בלא ייסורים. שכן העורק שמספק את מירב הדם למוח עובר דרך מקום השחיטה, וכך מיד לאחר השחיטה אין יותר אספקת דם למוח. ולכן בשעה שתחושת הכאב היתה צריכה להגיע לקליפת המוח, ששם תחושת הכאב נקלטת, מחמת חוסר דם וחמצן אין קליפת המוח מסוגלת לקלוט את הכאב. גם לפני שהעורק הראשי נשחט, הכאב כמעט ואינו מורגש, מפני שהשחיטה חייבת להיעשות בסכין חדה וחלקה, תוך תנועה מהירה, באופן זה תחושת הכאב כמעט ואינה מורגשת. בנוסף לכך, נוהגים להשכיב את הבהמה לפני השחיטה, ועל ידי כך מפחיתים את צערה, משום שתנוחה זו מסיחה את דעתה מפעולת השחיטה, וגם ניתוק אספקת הדם והחמצן למוח מתרחש במהירות בתנוחה זו. בנוסף לכך, התברר במחקר, שהבהמות אינן מרגישות שעומדים להמיתן, שכן גם לאחר ששחטו בהמות שעמדו לידן, הן המשיכו ללעוס עשב בשלווה, ואילו בשעת בהלה הן מפסיקות ללעוס.
יש לציין ששחיטת בהמות וחיות חמורה יותר משחיטת עופות, שבבהמות וחיות צריך לשחוט שני סימנים (קנה וושט), ואילו בעופות, די בדיעבד לשחוט סימן אחד (חולין כז, ב). ואפשר לבאר, שהואיל ומערכת העצבים של העופות פחות מפותחת וצערם קל יותר, גם דין שחיטתם קל יותר (לעיל טו, א, הכלל השני). וכן ניתן לבאר, שהואיל ומערכת העצבים והמוח של הדגים והחגבים הרבה פחות מפותחת, לא צוותה התורה לשוחטם, וגם אין בהם איסור אבר מן החי (להלן הלכה יא, לעיל יז, ז-ח).
מעשה היה ברבי יהודה הנשיא (רבי), עורך המשנה, שעגל אחד שנלקח לשחיטה ברח מהשוחט והחביא ראשו בכנפי בגדו וגעה בבכי. ואף שכפי הנראה הבהמות לא מרגישות שעומדים להמיתן, כפי הנראה העגל סבל מכך שמשכוהו בכוח והכאיבו לו, ולכן ברח. דחף רבי את העגל ואמר לו: לך אל השוחט, כי לכך נוצרת. באותה שעה נתעורר על רבי קטרוג גדול בשמים, ואמרו, הואיל ולא ריחם על אותו עגל, יבואו עליו ייסורים קשים. וכך שלוש עשרה שנה סבל רבי מכאבי חניכיים, ומכאבים בהוצאת השתן. יום אחד ניקתה שפחתו את הבית ומצאה גורים קטנים של חולדה (עכברוש), ועמדה לזורקם. אמר לה רבי, הניחי להם, שכן נאמר (תהלים קמה, ט): "וְרַחֲמָיו עַל כָּל מַעֲשָׂיו". באותה שעה אמרו בשמיים, הואיל וריחם על בעלי חיים, גם עליו ראוי לרחם, ונסתלקו ממנו הייסורים (ב"מ פה, א).
ואף שלפי ההלכה מותר לשחוט בעלי חיים כדי לאכול מבשרם, למדנו מסיפור זה שראוי להצטער מעט על כך. כי באמת במצב האידיאלי של העולם, בני האדם היו יכולים להסתפק במזון מן הצומח. ורק לאחר שהעולם כולו ירד ממעלתו בעקבות חטא אדם הראשון וחטא המבול, גבר חוק הטבע, ובני אדם אוכלים בעלי חיים. ולפי רוב מעלתו וחסידותו של רבי יהודה הנשיא, היה ראוי לו לרחם מעט על העגל, שיירגע ויתרצה ללכת לשחיטה. וכיוון שלא חש לייסוריו של העגל, באו עליו ייסורים (הרב קוק בחזון הצמחונות והשלום א'). אמרו חכמים שרבי לא מאס בייסוריו, וביקש בתפילתו, שאם ראוי לו להזדכך בייסורים, ימשיכו הייסורים לצערו. וכיוון שייסורים אלו באו עליו לפי מעלתו המוסרית, כדי לזככו ולטהרו, אמרו חכמים, שבמשך כל אותן שנים שהתייסר, לא נעצרו הגשמים (ב"מ שם).
