יש אומרים כי אף שיש להודות לה' ביום העצמאות, מכל מקום אין לומר בו הלל עם ברכה. חמשה טעמים עיקריים לדבריהם: א) לפי דעת החיד"א על פי כמה ראשונים, הלל עם ברכה אפשר לומר רק כאשר נעשה נס לכל ישראל, ובארץ ישראל ביום העצמאות היו רק מקצת ישראל. ב) יש להודות רק על הצלה שלימה, ועדיין אנחנו מאוימים על ידי אויבינו מסביב. ג) מפני המצב הרוחני של ראשי המדינה ורבים מאזרחיה. ד) מפני שיש לחוש לדעה הסוברת שאין לומר הלל אלא כאשר נעשה נס גלוי כדוגמת נס פך השמן, ובהקמת המדינה הנס היה טבעי. ה) יש ספק אם יום ההודאה צריך להיקבע דווקא ביום העצמאות או ביום סיום מלחמת השחרור או ביום החלטת האו"ם על הקמת המדינה שהוא י"ז בכסלו (כ"ט בנובמבר).
מפני החששות הללו או מקצתם, הורתה בתחילה מועצת הרבנות הראשית לומר ביום העצמאות בתפילת שחרית הלל בלא ברכה. אולם לאחר שהמדינה הגיעה לשנתה העשרים ושש, וכבר זכינו לשחרר את יהודה ושומרון, ואף ממלחמת יום הכיפורים יצאנו בניצחון גדול, למרות תנאי הפתיחה הקשים, וכבר יותר משלושה מליון יהודים התגוררו בארץ, פי חמישה ממספרנו בעת הקמת המדינה. חזרה ונתכנסה מועצת הרבנות הראשית, ביוזמת הרב הראשי לישראל, הרב שלמה גורן זצ"ל, בכ"ה ניסן תשל"ד, לדון באמירת הלל ביום העצמאות. והוחלט ברוב דעות, שיש מקום גדול לומר בתפילת שחרית של יום העצמאות הלל שלם בברכה. על פי זה הנהיג מו"ר הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל, לומר הלל בברכה בישיבת 'מרכז הרב', וכן נוהגים כל תלמידיו.
בתשובה לחשש שאין לומר הלל אלא על נס שנוגע לכל ישראל, ביארו שהקמת המדינה היא הצלה לכלל ישראל (כמבואר לעיל הלכה ג). ועוד שיושבי ארץ ישראל נחשבים ככלל ישראל. וזה שיום ההודאה נקבע דווקא ביום העצמאות, מפני שהוא היה יסוד ההצלה והישועה.[7]
אולם הרב עובדיה הדאיה (ישכיל עבדי ח"ו או"ח י), אף שהסכים בבירור שזו התחלת הגאולה, הביא מדברי החיד"א בחיים שאל ב, יא, שאין לומר הלל על נס שאינו לכלל ישראל. והוסיף שההצלה אינה שלימה. ועוד, שביום העצמאות עצמו לא אירע נס אלא להיפך המלחמה התגברה. גם הסתפק על מועד היו"ט, שאולי היה ראוי לקובעו ביום שביתת הנשק או בי"ז כסלו (כ"ט בנובמבר) בו אישר האו"ם את זכות ישראל למדינה. וכדי שלא לפגוע בסדרי התפילה המסודרים עפ"י כוונות עמוקות, הורה לומר הלל בלא ברכה אחר סיום תפילת שחרית. וכן דעת הראשל"צ הרב עובדיה יוסף (יבי"א ח"ו או"ח מא) שלא לומר הלל עם ברכה, מפני שהנס לא נעשה לכלל ישראל, ומפני שעוד רב הדרך לפנינו להגיע למנוחה ולנחלה, הן מבחינה מדינית צבאית והן מבחינה רוחנית. ודעת הרב יוסף משאש (אוצר המכתבים ח"ג סי' אלף תשסט), לומר הלל גמור. גם הרב שלום משאש סבר שצריך לברך (שמש ומגן ח"ג סג, סו). ודעת מו"ר הרב ישראלי שלא לברך על ההלל. וכך דעת מו"ר הרבנים הראשיים, הרב אברהם שפירא, והראשל"צ הרב מרדכי אליהו. אלא שהרב שפירא הסכים שהרוצה לברך כמנהגו – רשאי (הובא בספר הרבנות הראשית ח"ב עמ' 901-903).
הסוברים שצריך לומר הלל בברכה, מבארים שהנס אכן היה לכלל ישראל, וכפי שכתב הרב ראטה. ואם כן גם לחיד"א צריך לאומרו בברכה. ועוד, שיושבי ארץ ישראל נחשבים ככלל ישראל. וכ"כ הרב גורן והרב גרשוני (דבריהם הובאו בספר 'הלכות יום העצמאות ויום ירושלים'). וביבי"א שם ג' כתב, שנחשבים ככלל ישראל רק לעניינים מסוימים. והרב אורי שרקי (סידור 'בית מלוכה' קונטרס 'בא אורך' אות ב'), השיב על כך. ומה שההצלה אינה שלימה, יש ללמוד מחנוכה שאין זה מעכב, כי בחנוכה נהגו יו"ט אחר הניצחון הראשון, ועוד נצרכו להילחם במשך עשרות שנים מלחמות רבות וקשות (כמבואר להלן יא, ג), ועל כל ניצחון קבעו יום טוב (להלן יא, א), וכשגמרו את המלחמות, כבר פשטה ההתייוונות במלכות חשמונאי (להלן יא, ד). ואין לומר שחנוכה נתקן רק על נס פך השמן, כי היום הראשון הוא על ניצחון המלחמה. ויותר מזה, הקל וחומר שממנו למדנו את יסוד הכל, הוא על ההצלה ולא על הנס. ומה שנהרגו חיילים קדושים, הרי במלחמות חשמונאי נהרגו יותר, ואעפ"כ קבעו יו"ט. ועצמאותנו המדינית אינה פחותה מעצמאות החשמונאים. מו"ר הרב גורן ביסס את המצווה לומר הלל בברכה בספרו תורת המועדים, וכ"כ בשו"ת נצר מטעי סי' לו. וכך דעת הרב ח"ד הלוי 'דת ומדינה' עמ' 82. וכן הורו ונהגו רבני פתח תקווה: הרב עמרם אבורביע ואחריו הרב משה מלכה. וכן נהגו הרב יהודה אשכנזי והרב מאיר יהודה גץ.
כתב הרב שמואל כץ בספר הרבנות הראשית, ח"ב עמ' 841, בהערה 33, שהרב אושפיזאי העיד שדעת הרבנים הראשיים, הרב הרצוג והרב עוזיאל, שמיד אחר קום המדינה היה ראוי לומר הלל בברכה, אלא שמפני שנמסרה להם התנגדותם התקיפה של החזו"א ועוד רבנים, לא רצו להרבות במחלוקת ונמנעו מלקבוע לאומרו בברכה. והרב זוין אמר על כך שזו בכיה לדורות, שבגלל התערבות מבחוץ, של רבנים שאינם חברים במועצת הרבנות הראשית, לא פסקו מיד בעת קום המדינה לומר הלל עם ברכה (שם עמ' 890 הערה 6). וכן סיפר הרב שאר ישוב, שאביו הרב דוד כהן הנזיר סבר שיש לומר הלל בברכה. ואחר שדעתו לא התקבלה לא ברך, והסביר: "חסר לי את ה'וצוונו' של הרבנות הראשית".
ראוי להביא כאן את דברי מו"ר הרצי"ה מדרשתו ביום העצמאות הי"ט, מעת שעדיין לא הורתה הרבנות הראשית לומר הלל עם ברכה (לנתיבות ישראל ח"ב עמ' שנט-שס): "פנה אלי אדם חשוב אחד ושאלני, מדוע לא יתירו לנו רבותינו לברך על ההלל ביום העצמאות? השיבותי לו, כי הוראת הרבנות הראשית שקולה וצודקת היא. תקנות הרבנות הראשית באות לכל הציבור כולו, וכיוון שלצערנו ולחרפתנו חלק גדול מהציבור שלנו איננו מאמין בגודל מעשה ה' המתגלה לנו בכוננות מלכות ישראל, ובהיותו מחוסר אמונה הריהו מחוסר שמחה, הרי אי אפשר לחייבו בברכה. דוגמת הרואה את חבירו ושמח בראייתו החייב לברך, שאם הוא שמח מברך ואם איננו שמח אינו מברך. הרב מימון שכולו היה קודש לבנין עמו ונחלתו של הקב"ה, הוא היה מלא שמחה של אמונה, ולכן קבע שבבית הכנסת שלו יאמרו הלל בברכה. הוא הדין למקומות דומים נוספים – צבא ישראל והקיבוצים הדתיים. אולם הרבנות הכוללת והראשית היא אינה יכולה לתקן ברכה כהוראה כוללת לכל הציבור, כשזה איננו מוכן לה. בישיבתנו המרכזית נהגנו כפסק הרבנות, כי אין אנו 'קלויז' של חוג מיוחד – שייכים אנו לעניינו של כלל ישראל המרוכז בירושלים, ומכיוון שבכללו של הציבור יש לעת עתה, לצערנו ולבושתנו, עיכובים בשלימות האמונה והשמחה… נכון שננהג אף אנו כהוראת הרבנות לכלל כולו".
אחרי מלחמת ששת הימים, הצטער הרצי"ה שלא קבעו מיד לומר הלל עם ברכה ביום העצמאות, וכאשר נתקן הדבר על ידי הרב גורן לאחר הניצחון במלחמת יום הכיפורים, שמח הרצי"ה מאוד, וכך נהגו בישיבת 'מרכז הרב'. ואף שמאז עברו עלינו מאורעות שונים, עליות וירידות, והרבנות הראשית כבר אינה במעמדה הקודם, וחבריה אינם מגדולי הרבנים, ומהם שאינם שותפים כראוי בהודאה ובשמחה על הקמת מדינת ישראל, כבר נקבע לומר הלל בברכה כפי שהיה ראוי מתחילה, וכך נוהגים תלמידי הרצי"ה. לגבי נשים, דין ברכה על ההלל ביום העצמאות כדין ברכה על ההלל בחנוכה (להלן יא, ח).