אין אומרים ווידוי בראש השנה, בין ווידוי בנוסח ציבורי ובין ווידוי בנוסח אישי. מפני שעניינו של ראש השנה הוא להמליך את ה' עלינו ועל העולם כולו, ולבקש שהשנה הבאה תהיה טובה כדי שנוכל לגלות בה את כבוד מלכותו, ואין ראוי לעסוק ביום זה בתיקון הפרטי שלנו, שלמענו מוקדשים שאר ימי התשובה. וגם אין ראוי להזכיר חטאים שפוגמים בכבוד מלכותו. ואף יש חשש שהזכרתם עלולה לחזק את טענת המקטרגים שעומדים כנגדנו (זוהר ח"ב קפו, א; ולדעת האר"י בין התקיעות אפשר להתוודות בלחש, להלן ד, ז).
יש סוברים שכשם שאין אומרים ווידוי בראש השנה, כך צריך להשמיט מתפילת 'אבינו מלכנו' את המשפטים שמזכירים בהם חטא, כדוגמת: "אבינו מלכנו חטאנו לפניך" (ב"י, אר"י). ויש נוהגים לומר בראש השנה את כל נוסח 'אבינו מלכנו', מפני שהמשפטים שמזכירים בהם חטא אינם נחשבים כווידוי אלא כציון מצב כללי (רמ"א תקפד, א; מ"ב ג).
למרות שראש השנה הוא יום חג שהיה ראוי לומר בו הלל, כיוון שהוא יום דין, אין אומרים בו הלל (כמובא לעיל הלכה ד).
שינויים רבים יש בתפילות עמידה של הימים הנוראים, והעיקרי שבהם, שבחתימת הברכה השלישית, אומרים 'המלך הקדוש' במקום 'הא-ל הקדוש'. ואם טעה ואמר ה'א-ל הקדוש' – לא יצא, כמבואר להלן (ה, ב). דיני החזן ומנהגיו נתבארו לעיל (ב, י). המנהג שקמים בעת שפותחים את הארון, ושכיום אין להתפלל עמידה בקול נתבאר לעיל (ב, יא).
כמו בכל חג קוראים בתורה חמישה עולים (פנה"ל מועדים ב, ח). וקוראים בפרשת: "וַה' פָּקַד אֶת שָׂרָה" (בראשית כא, א-לד), ומפטירים בחנה שילדה את שמואל (שו"ע תקפד, ב). משום שבראש השנה נפקדו שלוש נשים צדקניות: שרה אמנו שילדה את יצחק אבינו, רחל אמנו שילדה את יוסף הצדיק, וחנה שילדה את שמואל הנביא (ר"ה י, ב). עקרותן נבעה מכך שלרום מעלת צדקותן היו צריכות להוליד נשמות בעלות חידוש מיוחד כל כך, שבדרך הטבע לא היו יכולות להיוולד, ורק בזכות ההתחדשות שבראש השנה נפקדו. אמנם רוב הפרשה עוסקת בגירושו של ישמעאל, ושני יסודות אפשר ללמוד מזה: א) למרות הכאב, לא היה פגם מוסרי בגירוש ישמעאל, שאם היה פגם, לא היו מתקנים חכמים שנקרא פרשה זו בראש השנה, כדי שלא להוסיף עלינו קטרוג. ב) דווקא בראש השנה, יום הדין, יש להבחין בין ישראל לשאר העמים שאינם מוכנים לקבל על עצמם את הייעוד הגדול והנורא של תיקון עולם במלכות שד-י, וכפי שהיה הכרח להבדיל את ישמעאל מישראל.
ביום השני קוראים את פרשת עקדת יצחק (בראשית כב, א-כד), כדי להזכיר זכות אבות. ומפטירים בנבואת נחמה מספר ירמיהו (לא, א-יט). בשני הימים נוהגים להוציא ספר שני ולקרוא בו את פרשיית קרבנות היום, ולספר זה עולה המפטיר (ב"י או"ח תפח, ב).
