המחלוקת השנייה נוגעת לסירכות 'שלא כסדרן', שהן הטרפות, והיא נוגעת לשתי סוגיות: א) האם ניתן לקלוף את הסירכא ולבדוק אם יש תחתיה נקב, ועל פי בדיקה זו להכשיר את הסירכא. ב) האם סירכות שניתן להסיר על ידי מיעוך ומשמוש נחשבות סירכות מטריפות.
נתחיל בסוגיה הראשונה. יש אומרים שכאשר הסירכא 'שלא כסדרן', בכל אופן הבהמה טריפה. וגם אם יסירו אותה וימצאו שאין תחתיה נקב, היא טריפה, מפני שגם אם עכשיו נסתמה, סופה להיפתח (רבנו גרשום, רי"ף, רש"י ותוס' לחולין מח, א).
מנגד, יש אומרים שגם כאשר הסירכא 'שלא כסדרן' אין זה אומר שהיא טריפה אלא שחובה לבודקה, ואם ימצא תחתיה נקב היא טריפה. כדי לבדוק את הסירכא אפשר לקלפה בסכין או לחותכה לרצועות ולקולפן בעדינות ביד, שכן הסירכא דומה לניילון וניתן לפרקה לחוטים דקים ולמותחם עד שהם נקלפים מעל פני הריאה. לאחר שפני הריאה נותרו חלקים, מנפחים אותה באוויר ומכניסים אותה למים, אם מבצבצות ממנה בועות אוויר, הרי שיש בה נקב והבהמה טריפה. ואם אין בצבוץ, אין בה נקב והבהמה כשרה, מפני שרק סירכא שיש תחתיה נקב מטריפה (מהרי"ץ עפ"י רמב"ם הל' שחיטה יא, ו-ט, ערוה"ש קי-קיא).[8]
מנגד, מנהג חכמי תימן עוד מימי הרמב"ם להסיר את כל הסירכות 'שלא כסדרן' ולבודקן בבצבוץ, כמובא בשו"ת ר' אברהם בן הרמב"ם סא, בתשובה לחכמי תימן. ובאר מהרי"ץ (זבח תודה יו"ד לט, פח) שכך היא דעת הרמב"ם הל' שחיטה יא, ו-ז, שהלכה כדעת מר זוטרא שבדיקת רב נחמיה מועילה לכל הסירכות. וכך נהגו רבים באשכנז ובצפון אפריקה, כמבואר בהערה הבאה, על פי העיקרון שרק אם מתברר שיש נקב תחת הסירכא הבהמה טריפה. ואפשר שכל מה שרב אשי התקיף את הסבר מר זוטרא, הוא ביחס לסירכות עבות מאוד שיש סביבן ריעותא כמוגלה וחולי, אבל בסירכות רגילות, אפילו עבות ונמשכות שלא כסדרן, היה מסכים שאפשר לקולפן ולבדוק אם יהיה תחתיהן בצבוץ.
