אחר סיום תפילת עמידה נוהגים ליפול אפיים ולהתחנן לפניו יתברך. ובזה אנו מקיימים את התפילה בכל צורותיה – ברכות קריאת שמע בישיבה, שמונה עשרה בעמידה, ותחנונים שאחריה בנפילת אפיים. וכך למדנו ממשה רבנו שהתפלל על ישראל אחר חטא העגל בשלוש הצורות: בישיבה, שנאמר (דברים ט, ט): "וָאֵשֵׁב בָּהָר"; בעמידה, שנאמר (שם י, י): "וְאָנֹכִי עָמַדְתִּי בָהָר"; ובנפילת אפיים, שנאמר (שם ט, כה): "וָאֶתְנַפַּל לִפְנֵי ה'". וכן אנחנו בתפילתנו, אחר שהתפללנו בישיבה ובעמידה, והרגשנו שעדיין לא הצלחנו לבטא את הכל, עדיין לא הפלנו לגמרי את המחיצות, אנו באים ומשתחווים ומבטלים עצמנו לרבונו של עולם (עיין טור קלא).
לתפילה זו כח גדול במיוחד, והיא המועילה ביותר בעת צרה. וכן מצינו שבשעה שאמר ה' למשה ואהרן, במחלוקת קורח ועדתו, "הִבָּדְלוּ מִתּוֹךְ הָעֵדָה הַזֹּאת וַאֲכַלֶּה אֹתָם כְּרָגַע", הבינו מיד שעליהם להתעצם מאוד בתפילה, והתפללו בנפילת אפיים, שנאמר: "וַיִּפְּלוּ עַל פְּנֵיהֶם וַיֹּאמְרוּ: אֵ-ל אֱלֹוהֵי הָרוּחֹת לְכָל בָּשָׂר, הָאִישׁ אֶחָד יֶחֱטָא וְעַל כָּל הָעֵדָה תִּקְצֹף" (במדבר טז, כא-כב). ומכח תפילתם שנאמרה בנפילת אפיים – נתבטלה הגזירה.
כוחה רב מפני שהיא מבטאת את ההתבטלות הגמורה של האדם כלפי בוראו, עד מסירות נפש גמורה. כאילו האדם אומר לרבונו של עולם: כל חושי ואיברי בטלים לפניך, עשה בי כרצונך שכולי שלך. ולכן בתפילת נפילת אפיים ניתן לתקן פגמים שאי אפשר לתקן בתפילה רגילה (עי' זוהר במדבר קכ, ב).
יש בנפילת אפיים גם ביטוי לבושה של האדם כלפי שמיים, שאחר התפילה, שבה עסקנו בגדולתו יתברך ושטחנו את כל בקשותינו, הננו מתביישים להראות את פנינו, שהיאך העזנו לעמוד לפניו בתפילה, ועל כן הננו נופלים על פנינו. ועוד, שיש בנפילת אפיים ביטוי לצער הנובע מתשובה על החטאים, שמרוב צער איננו יכולים להרים את פנינו (עיין ברבנו בחיי במדבר טז, כב).
