ראוי שלא להפסיק בשיחה בין שמונה עשרה לתחנונים, מפני שכשהם נאמרים בצמידות לשמונה עשרה הם מתקבלים יותר (שו"ע קלא, א, מ"ב א).
בנוסח אמירת התחנונים ישנם הבדלים בין העדות, והסיבה לכך, שבזמן שרוב ישראל ישבו בארץ או בבבל, עדיין היה המנהג שכל אחד מתחנן בלשונו, ורק בתקופת הראשונים, כשכבר נתפזרו הגלויות, נתגבשו הנוסחים. בנוסף לכך, לפני כארבע מאות שנה, נשתנו כמה דברים בנוסח ספרד על פי כוונות האר"י.
על פי כוונות האר"י נוהגים בנוסח ספרד להוסיף ולומר לפני המזמור של נפילת אפיים וידוי וי"ג מידות רחמים, כדי שמתוך הכפרה הבאה על ידם יגיע המתפלל לשיא של נפילת אפיים (כה"ח קלא, ה). ולמנהג אשכנז, רק בימי שני וחמישי, שבהם מרבים יותר בתחנונים פותחים בוידוי וי"ג מידות, אבל בשאר הימים אומרים מיד אחר סיום התפילה נפילת אפיים. ואדרבה, ראוי להצמיד עד כמה שאפשר את נפילת אפיים לתפילה. ולמנהג תימן (בלדי), לעולם מסמיכים נפילת אפיים לסיום התפילה.
בנפילת אפיים, אומרים לנוסח ספרד מזמור כ"ה מתהלים, ולנוסח אשכנז וספרד-חסידים אומרים מזמור ו'.
בשני וחמישי מוסיפים עוד תחנונים, מפני שהם ימי רצון והתפילה בהם מקובלת. ואומרים אותם בעמידה (שו"ע ורמ"א קלד, א). נוסח 'והוא רחום' נתחבר על ידי שלושה זקנים מגולי ירושלים, כמובא בספרי הראשונים (אבודרהם, ראב"ן, המנהיג, כל בו י"ח), ולכן אין בו הבדלים גדולים בין הנוסחים. אלא שהספרדים הוסיפו לפניו עוד תחנונים, והאשכנזים הוסיפו תחנונים אחריו.
עוד הבדל, שבנוסח ספרד, אומרים את התחנונים הנוספים של שני וחמישי אחר נפילת אפיים, ובנוסח אשכנז אומרים אותם לפני נפילת אפיים.
הנוהג כנוסח אחד ומתפלל במקום שהרוב מתפללים בנוסח אחר, רשאי לנהוג כפי שירצה. ואם יחליט לנהוג כמנהגו, לא יבליט את מנהגו השונה. כאשר החזן אומר י"ג מידות, גם מי שאינו נוהג לאומרן, יצטרף עם הציבור. מי שהנוסח שלו ארוך, ולפני שהספיק לסיימו התחיל החזן לומר קדיש, יפסיק את התחנונים ויענה לקדיש וימשיך לשלב הבא של התפילה. שאין נוסח התחנונים מעכב, וכל שהתחנן מעט כבר יצא ידי חובת המנהג. ואם ירצה יוכל להשלים את התחנונים אחר התפילה.[7]
