אע"פ שגדולה מאוד מעלתה של תפילת נפילת אפיים, לא תקנוה חכמים כתפילת חובה, ולא תקנו לה נוסח קבוע, וכל הרוצה היה מוסיף ומתחנן בנפילת אפיים אחר התפילה. אולי דווקא מפני מעלתה העליונה, שהיא מבטאת התבטלות גמורה כלפי הבורא יתברך, ראוי לה שתצא מהלב ברצון חופשי.
בתקופת הגאונים, החל להתגבש נוסח קבוע לנפילת אפיים ולתחנונים שאחר התפילה, ובתקופת הראשונים הלך הדבר ונקבע, עד שכל ישראל קיבלו על עצמם כחובה לומר תחנונים מסוימים. כנראה שבעקבות יסורי הגלות שהלכו והתגברו, נטמטמו הלבבות כל כך עד שהוצרכנו לנוסח קבוע של תחנונים. ומכיוון שנוסח התחנונים התפשט אחר שנתפזרו הגלויות, בולטים בו יותר ההבדלים שבין נוסח ספרד לאשכנז.
הואיל ותפילת נפילת אפיים היא תפילה של שברון לב בביטול הגוף ומסירות הנפש, אין אומרים אותה בימים של שמחת מצווה. וביארו המקובלים, שכל התיקונים הנעשים בימים רגילים על ידי תפילת נפילת אפיים, נעשים בימי שמחה של מצווה על ידי הקדושה שביום (כה"ח קלא, נד). וכן כשנמצאים בעלי שמחה של מצווה בבית הכנסת, אין אומרים תחנונים (כמבואר בהלכות ז-ח). וכבר למדנו שמעיקר הדין אין חיוב לומר תחנון, ולכן בכל מקום שיש ספק אם צריך לאומרו, ההוראה שלא לומר תחנון.[1]
וכן בבית האבל נוהגים שלא לומר תחנון, מפני שמידת הדין מתוחה שם, וצריך להיזהר שלא להגביר את מידת הדין (מ"ב קלא, כ). פירוש העניין, שבנפילת אפיים המתפלל ממחיש לעצמו כי קיומו תלוי בה', והוא בטל ומבוטל כלפיו, והאבל כבר חש זאת היטב, ואין צורך להוסיף על כך.