אע"פ שגדולה מאוד מעלתה של תפילת נפילת אפיים, לא תקנוה חכמים כתפילת חובה, ולא תקנו לה נוסח קבוע, וכל הרוצה היה מוסיף ומתחנן בנפילת אפיים אחר התפילה. אולי דווקא מפני מעלתה העליונה, שהיא מבטאת התבטלות גמורה כלפי הבורא יתברך, ראוי לה שתצא מהלב ברצון חופשי.
בתקופת הגאונים, החל להתגבש נוסח קבוע לנפילת אפיים ולתחנונים שאחר התפילה, ובתקופת הראשונים הלך הדבר ונקבע, עד שכל ישראל קיבלו על עצמם כחובה לומר תחנונים מסוימים. כנראה שבעקבות יסורי הגלות שהלכו והתגברו, נטמטמו הלבבות עד שהוצרכנו לנוסח קבוע של תחנונים. מכיוון שנוסח התחנונים התפשט אחר שנתפזרו הגלויות, בולטים בו יותר ההבדלים שבין נוסח ספרד לאשכנז.
הואיל ותפילת נפילת אפיים היא תפילה של שברון לב בביטול הגוף ומסירות הנפש, אין אומרים אותה בימים של שמחת מצווה. ביארו המקובלים, שכל התיקונים הנעשים בימים רגילים על ידי תפילת נפילת אפיים, נעשים בימי שמחה של מצווה על ידי הקדושה שביום (כה"ח קלא, נד). וכן כשנמצאים בעלי שמחה של מצווה בבית הכנסת, אין אומרים תחנונים (כמבואר בהלכות ז-ח). כיוון שמעיקר הדין אין חיוב לומר תחנון, בכל מקום שיש ספק אם צריך לאומרו, ההוראה שלא לומר תחנון.[1]
וכן בבית האבל נוהגים שלא לומר תחנון, מפני שמידת הדין מתוחה שם, וצריך להיזהר שלא להגביר את מידת הדין (מ"ב קלא, כ). פירוש העניין, שבנפילת אפיים המתפלל ממחיש לעצמו כי קיומו תלוי בה', והוא בטל ומבוטל כלפיו, והאבל כבר חש זאת היטב, ואין צורך להוסיף על כך.
[1]. כתב הטור (סי' קלא) בשם רב נטרונאי גאון, שהואיל ונפילת אפיים רשות, נהגו שלא לאומרה בבית החתן, וכ"כ בשו"ת ריב"ש תיב, בשם רב שר שלום גאון. וכן הוכיח רבי יצחק אבן גיאת, מב"מ (נט, ב), שאמא שלום אשתו של רבי אליעזר היתה מבטלתו מלומר תחנונים אחר התפילה, כדי שלא יזיק לאחיה, רבן גמליאל. מכאן שהיא תפילת רשות. וכך כתבו עוד ראשונים ואחרונים. וכ"כ בברכ"י (קלא, יג), שבכל מקום שיש ספק אם לומר נפילת אפיים, יותר נכון שלא לומר, מפני שהיא רשות. וכ"כ בשעה"צ (קלא, טו).