לאחר שנקבע יום העצמאות כיום שמחה והודאה, התעוררה שאלה, האם מנהגי האבלות של ספירת העומר חלים ביום העצמאות. נאמרו בזה דעות לכאן ולכאן. למעשה, מוסכם שאין נוהגים במנהגי אבלות שפוגמים בשמחה, לכן מותר לרקוד ולנגן. לגבי נישואין יש אוסרים (ישכיל עבדי ו, י), ויש מתירים (הראשל"צ הרב ניסים), והרוצים להקל רשאים.
הרגילים להתגלח, צריכים להתגלח לקראת יום העצמאות, כפי שגם לובשים בגדי חג לקראתו. לגבי תספורת, מי שנראה לא מכובד בשערותיו, ראוי שיסתפר לקראת יום העצמאות, ומי שנראה מכובד, רשאי להסתפר ביום העצמאות עצמו.[12]
ביום ירושלים, קבעה הרבנות הראשית, בנשיאותם של הרב אונטרמן והרב ניסים, שגם האשכנזים הנוהגים באותם ימים הגבלות של אבלות, ביום כ"ח באייר לא ינהגו בשום הגבלה, ויהיו רשאים לערוך נישואין. ראשית, מפני שבהרבה קהילות כל ההגבלות נפסקות אחר ל"ג בעומר (עי' לעיל ג, ב-ג). וכל שכן עתה שכ"ח באייר נקבע ליום הודאה ושמחה על הנס שעשה הקב"ה לעמו ישראל.
אין אומרים תחנון ביום העצמאות ויום ירושלים ובמנחה שלפניהם (פנה"ל תפילה כא, ז, ועי"ש כא, ב, 1).
לעניין אבל, מובאת תשובה מהרב גורן (ספר 'הרבנות הראשית' עמ' 900 הערה 37), שיום העצמאות ויום ירושלים אינם מבטלים אבלות שבעה, כמו בחנוכה, ולכן אין לאבל לומר הלל. וכן אין לומר הלל בבית האבל אלא בבית אחר. וב'שלושים' אסור לאבל להסתפר לכבוד ימים אלו. ע"כ. לאחר השבעה ישתתף בתפילות החגיגיות, גם אם יהיו בהן כלי נגינה.