כפי שלמדנו, ביום הכיפורים מתגלה השורש המקודש של נשמות ישראל, ומתוך כך מתפשטת טהרה וכפרה משורש הנשמה לענפיה, וככל שאדם שב יותר בתשובה, כך הוא נטהר יותר וחטאיו ועוונותיו מתכפרים. אולם יש חטאים שטהרת שורש הנשמה והחזרה בתשובה ביום הכיפורים אינה משלימה את תיקונם. וכל זמן שלא ישלים את תיקונם, יצטרך להיענש עליהם בעולם הזה או בעולם הבא (לעיל א, ז).
לפיכך, העובר עבירה שחייבים עליה חטאת או אשם, חייב להביא את קרבנו, ואף אם יעבור עליו יום הכיפורים ויחזור בתשובה שלימה, חוב הקרבן נשאר עליו (ורק מאשם תלוי נפטר). וכן העובר עבירה שאם ראו אותו עדים והתרו בו עונשו מלקות או מיתת בית דין – אף אם יחזור בתשובה שלימה ביום הכיפורים, אין יום הכיפורים פוטרו מעונש בית הדין (כריתות כה, ב; כו, א; רמב"ם הל' שגגות ג, ט). אמנם התשובה תועיל לו לתיקון נשמתו, אבל את הכפרה או העונש הקצובים בתורה חייבים לקיים. ואם לא יקיים, ייענש על כך בעולם הזה או בעולם הבא. כיום שאין בידינו אפשרות להקריב קרבן או להיענש בבית הדין, התיקון הוא לתת צדקה ולהרבות בלימוד התורה במשקל הראוי כנגד החטאים שעשה. בעבר גם הרבו בתעניות כנגד משקל החטאים, וכיום ההוראה הרווחת – להרבות בצדקה ותורה במקום התעניות.
אמרו חכמים במשנה (יומא פה, ב): "עבירות שבין אדם למקום – יום הכפורים מכפר, עבירות שבין אדם לחברו – אין יום הכפורים מכפר, עד שירצה את חברו". שנאמר (ויקרא טז, ל): "כִּי בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי ה' תִּטְהָרוּ". כלומר, דווקא על העבירות שלפני ה' יום הכיפורים מכפר, מפני שתכלית התשובה לתקן את החטא. ולכן, כאשר החטא הוא כנגד כבוד שמיים, הרי שבתשובה שלימה לפני ה' הפגם נתקן לגמרי. אבל כאשר החטא הוא כנגד החבר, כל זמן שלא פייס את החבר, החטא נותר במקומו. ולכן התשובה ביום הכיפורים מועילה רק לצמצם את חומרתו, להופכו מזדון לשגגה, ומשגגה לאונס, ועל ידי כך הוא נטהר בשורש נשמתו, אבל כל זמן שחברו לא התפייס, הפגם נותר עדיין בענפי הנשמה.
עוד אמרו חכמים במשנה (יומא פה, ב): "האומר אחטא ואשוב, אחטא ואשוב – אין מספיקים בידו לעשות תשובה. אחטא ויום הכפורים מכפר – אין יום הכפורים מכפר". הטעם ברור: התשובה נועדה לסייע לאדם לתקן את מה שקלקל, אבל כאשר אדם חוטא על סמך שישוב אח"כ בתשובה, נמצא שרעיון התשובה הוא שגרם לו להגדיל את חטאיו, ולכן "אין מספיקים בידו לעשות תשובה". כלומר מקשים עליו להתעורר לתקן את מעשיו. אמנם אם למרות הקשיים יתאמץ לשוב בתשובה, תשובתו תתקבל.
וכן החוטא על סמך שיום הכיפורים יכפר עליו, מראה בעצמו שלא הבין כלל את עומק קדושת היום שמגלה את שורש הטוב שבנשמתו. כלומר, זיכרון יום הכיפורים צריך למנוע את האדם מלחטוא, ואילו זה עשה להפך, דווקא על סמך זיכרון יום הכיפורים הרבה לחטוא. וכיוון שכך, גם אם ירבה בתפילות ובכיות, הואיל ופגם בעצם קדושת היום, אין יום הכיפורים מכפר עליו. ורק אם יתאמץ מאוד לשוב בתשובה, ויבין עד כמה גדולה טעותו, ויקבל עליו להיזהר שלא לחטוא עוד, תשובתו תתקבל.
