אף שהתורה ציוותה למחות את זרעו של עמלק, אם עמלקי יקבל על עצמו לשמור שבע מצוות בני נח, פקע ממנו דין עמלק ואין להורגו. ואלו הן שבע מצוות בני נח: איסור עבודה זרה, איסור גילוי עריות, איסור שפיכות דמים, איסור גניבה, איסור ברכת ה' (לשון סגי נהור והכוונה לקללה), איסור אכילת איבר מן החי, והחיוב למנות בתי דינים שישפטו צדק בכל הדינים שבין אדם לחבירו.
ולא זו בלבד, אלא גם כאשר לא קיבלו על עצמם מרצונם החופשי לשמור שבע מצוות בני נח, לפני שיוצאים כנגדם למלחמה, מצווה להציע להם שלום. היינו להציע להם שיקבלו עליהם לשמור שבע מצוות בני נח, ולהיות משועבדים לישראל ולהעלות להם מס. אם קיבלו את תנאי השלום, אין נלחמים נגדם, ואם לא קיבלו, נלחמים נגדם עד כלותם. וגם אם ירצו אח"כ לחזור בהם ולבקש שלום, אין מקבלים אותם, שהואיל וכבר התחילה המלחמה – נלחמים בהם עד כלותם (רמב"ם מלכים ו, א-ד, כס"מ שם).
ואם יבוא עמלקי וירצה להתגייר, נחלקו הפוסקים בשאלה אם יקבלוהו. לדעת הרמב"ם יכול עמלקי להתגייר (הל' איסורי ביאה יב, יז). וכן אמרו חז"ל, שבני בניו של המן הרשע, שהיה מזרע עמלק, לימדו תורה בבני ברק (גיטין נז, ב; סנהדרין צו, ב), הרי שקיבלו גרים מזרעו של עמלק.
ויש אומרים, שאין מקבלים גר מעמלק. וכך היא דעת רבי אליעזר במכילתא (סוף פרשת בשלח), שנשבע המקום בכסא הכבוד שלו, שאם יבוא עמלקי להתגייר, לא יקבלו אותו. ומה שאמרו חז"ל, שמבני בניו של המן הרשע לימדו תורה בבני ברק, ארע מתוך טעות, שבית הדין לא ידע שהבא לפניו הוא מזרע עמלק, וכך קיבלוהו. או שהיה מקרה שעמלקי מצאצאי המן הרשע אנס אשה יהודיה, ובנה שנולד לה ממנו נחשב ליהודי, וממנו יצאו אותם מלמדי תורה בבני ברק (רסיסי לילה לח, ה).[10]
לסיכום, הדרך הטובה לקיום מצוות מחיית עמלק – בחזרתם בתשובה. אם לא חזרו בתשובה, היתה דרך שאף היא לכתחילה, במחייתם במלחמה. בפועל המצווה התקיימה בדרך של בדיעבד: ברבות השנים צאצאיהם התפזרו והתבוללו בגוים, ואבד מהם זכר מוצאם ופקע מהם דין עמלק בלא שעשו תשובה.
