עיקר מצוות מחיית עמלק מוטלת על כלל ישראל, וכן אמרו חכמים, שלש מצוות נצטוו ישראל בכניסתן לארץ: תחילה להעמיד להם מלך, לאחר מכן להכרית את זרעו של עמלק, ואח"כ לבנות להם את בית הבחירה (סנהדרין כ, ב).
ואכן לאחר שישראל התגבשו בארצם, והעמידו להם מלך את שאול, ומלכותו התבססה, בא שמואל הנביא אל שאול ויאמר לו (שמואל א' טו, א-ג): "אֹתִי שָׁלַח ה' לִמְשָׁחֳךָ לְמֶלֶךְ עַל עַמּוֹ עַל יִשְׂרָאֵל, וְעַתָּה שְׁמַע לְקוֹל דִּבְרֵי ה'. כֹּה אָמַר ה' צְבָ-אוֹת: פָּקַדְתִּי אֵת אֲשֶׁר עָשָׂה עֲמָלֵק לְיִשְׂרָאֵל אֲשֶׁר שָׂם לוֹ בַּדֶּרֶךְ בַּעֲלֹתוֹ מִמִּצְרָיִם. עַתָּה לֵךְ וְהִכִּיתָה אֶת עֲמָלֵק וְהַחֲרַמְתֶּם אֶת כָּל אֲשֶׁר לוֹ וְלֹא תַחְמֹל עָלָיו וְהֵמַתָּה מֵאִישׁ עַד אִשָּׁה מֵעֹלֵל וְעַד יוֹנֵק מִשּׁוֹר וְעַד שֶׂה מִגָּמָל וְעַד חֲמוֹר".
אך שאול המלך לא קיים את המצווה כהלכתה, וחמל על אגג מלך עמלק ועל מיטב הצאן והבקר. בעקבות זאת העביר ממנו ה' את המלכות ונתנה לדוד. אולם הנזק שכבר נגרם היה נורא. בגלל חולשת רחמנותו נותרו רבים מבני עמלק בחיים, והם המשיכו לעשות צרות לישראל. שנים ספורות לאחר מכן, גדוד עמלקים פשט על צקלג, העיר שבה חיו בני משפחות דוד ואנשיו, שרף את העיר באש ולקח בשבי את כל הנשים והילדים. בחסדי ה', הצליחו דוד ואנשיו להציל את השבויים, ולהכות את אותו הגדוד. אולם כיוון שדוד עוד לא היה מלך, וצבא ישראל לא עמד לרשותו, לא הצליח לכלותם, ונותרו מאותו הגדוד ארבע מאות נערים אשר רכבו על גמלים וברחו (שמואל א, ל). ומסתבר שנותרו עוד קבוצות של עמלקים במקומות אחרים. ולאחר שדוד נעשה מלך, למרות שנלחם נגדם, כיוון שהיו מפוזרים, כבר לא היה ניתן ללחום נגד כולם ולכלותם. עוד מספרים חז"ל, שמאותו הזמן שנשתהה שאול בהריגת אגג, נמשך זרעו של אגג, ומזה נולד אח"כ המן האגגי שרצה להשמיד להרוג ולאבד את כל ישראל (מגילה יג, א).
ואף שעיקר מצוות מחיית עמלק מוטלת על הציבור, מכל מקום גם על כל יחיד ויחיד מישראל מוטלת מצווה זו, ואם הזדמן לפניו עמלקי ויש בכוחו להורגו, ולא הרגו, ביטל את המצווה (חינוך תרד). וכיום נאבד זרעו של עמלק. אולם אם התברר על אדם שהוא עמלקי ואוחז בדרכם, תהיה מצווה להורגו.[5]
