לפעמים קורה שעץ הפרי גורם לנזק, ואזי מותר לעוקרו, כי אין העקירה בדרך השחתה אלא כדי להסיר נזק. וכן מסופר (ב"ק צב, א), שכאשר הרגיש האמורא שמואל, שהדקלים הנטועים בין הגפנים מזיקים לגפנים, עד שאפילו ניתן להרגיש את טעם התמרים בענבים, ציווה על אריסו לעקור את הדקלים, שהיו זולים מהגפנים. וכן מסופר (ב"ב כו, א), שדקליו של רבא בר רב חנן היו נטועים סמוך לכרמו של רב יוסף, והיו באות ציפורים לדקלים ולאחר מכן יורדות ומזיקות את ענביו של רב יוסף. ונפסקה הלכה שצריך לעקור את הדקלים כדי שלא יזיקו לגפנים. וכן כאשר עץ פרי נדבק במחלה, ואם לא יעקרו אותו המחלה תתפשט לעצים אחרים, מותר לעוקרו כדי למנוע נזק.
כאשר עץ הפרי מושך אליו יבחושים וזבובים שנכנסים לבית וגורמים צער רב, על אחת כמה וכמה כאשר הצער נגרם לשכנים ואף עלול לגרום לסכסוך שכנים – אם הניסיונות להסיר את הנזק על ידי ריסוס וכדומה לא צלחו, מותר לקוץ את האילן. וכן כאשר שורשי תאנה שכוחם רב חודרים שוב ושוב לצנרת הביוב ומבקעים את הצינורות, כיוון שיש בזה נזק גדול, מותר לעקור את התאנה. וכשיש ספק בדבר יש לשאול שאלת חכם.
מותר לעקור עץ פרי שמאפיל על החלון ומונע מן האור להיכנס לבית, מפני שהאפלת החלון נחשבת כנזק גדול שאדם רגיל להקפיד עליו מאוד. אמנם אם ניתן למנוע את הנזק על ידי קציצת הענפים המאפילים על החלון, יש להסתפק בקציצתם, למרות שיהיה צורך לקצוץ את הענפים כל כמה חודשים, משום שמניעת טרחה שכזו אינה מתירה עקירת עץ פרי (חוות יאיר קצה). וכן הדין כאשר צריך לשלם לגנן על קציצת הענפים כל כמה חודשים, והתשלום לכך גבוה ממחיר הפירות. מפני שרק מטע שנועד לצורך מסחרי מותר לעקור כאשר הוא הפסדי, אבל בגינה פרטית מלכתחילה נטיעת העץ אינה לשיקול כלכלי, וממילא אין להתיר את עקירתו משיקול כלכלי רגיל אלא רק כאשר מדובר בטורח גדול שקשה לבצעו או בעלות כספית גדולה בהרבה.[6]
