מצוות מיוחדות ייעדה התורה לכהנים, כדי לקדשם ולהכינם לתפקידם הרוחני. ככלל אפשר לומר שהאיסורים המיוחדים לכהנים נועדו לרומם אותם מעל הצדדים המסובכים והקשים שבמציאות. בשני תחומים הגבילה התורה את הכהנים, בתחום המשפחה ובתחום הטהרה.
בתחום המשפחה: אסור לכהן להתחתן עם גרושה, זונה או חללה, שנאמר (ויקרא כא, ז): "אִשָּׁה זֹנָה וַחֲלָלָה לֹא יִקָּחוּ, וְאִשָּׁה גְּרוּשָׁה מֵאִישָׁהּ לֹא יִקָּחוּ, כִּי קָדֹשׁ הוּא לֵאלֹוהָיו". איסור גרושה כולל גם חלוצה, אבל עם אלמנה מותר לכהן להתחתן. האיסור להתחתן עם זונה חל על אשה שקיימה יחסי אישות עם אדם שלפי התורה אסור לה להתחתן עימו, כמו גוי או עם אביה או אחיה או אחד משאר קרוביה האסורים עליה. וכן אשת איש שזנתה, גם אם אח"כ התאלמנה, אסורה לכהן. ואף שבדרך כלל זונה נקראת מי שמפקירה עצמה תמורת תשלום, ויש מכנים כך גם אשה שקיימה יחסי אישות שלא במסגרת הנישואין. לעניין הלכה זו זונה נחשבת רק מי שזנתה עם אדם שמהתורה אסור לה להתחתן עמו, אבל מי שקיימה יחסי אישות עם אדם זר ללא נישואין, אפילו עשתה זאת תמורת תשלום, כיוון שמבחינה עקרונית היתה יכולה להתחתן עמו, אינה נקראת לעניין הלכה זו זונה, ומותר לה עדיין להתחתן עם כהן. גם עם גיורת אסור לכהן להתחתן (שו"ע אה"ע ו, ח). חללה האסורה לכהן היא בת שאביה חילל את כהונתו בהולדתה, כגון בת שנולדה לכהן וגרושה, אמנם לישראל היא כשרה.
התחום השני הוא הטהרה, לפיו אסור לכהנים להיטמא למת, כלומר אסור להם לגעת במת או לשהות עימו בחדר אחד או תחת קורת גג אחת. ורק לאחד מקרוביו מדרגה ראשונה מותר לכהן להיטמא, כלומר לשהות עימו תחת קורת גג אחת, ובשעת הצורך אף לגעת בו. הקרובים מדרגה ראשונה הם: אביו, אימו, אחיו, אחותו הרווקה, בנו, ביתו וכמובן אשתו. שנאמר (ויקרא כא, א): "וַיֹּאמֶר ה' אֶל מֹשֶׁה: אֱמֹר אֶל הַכֹּהֲנִים בְּנֵי אַהֲרֹן וְאָמַרְתָּ אֲלֵהֶם לְנֶפֶשׁ לֹא יִטַּמָּא בְּעַמָּיו. כִּי אִם לִשְׁאֵרוֹ הַקָּרֹב אֵלָיו, לְאִמּוֹ וּלְאָבִיו וְלִבְנוֹ וּלְבִתּוֹ וּלְאָחִיו. וְלַאֲחֹתוֹ הַבְּתוּלָה הַקְּרוֹבָה אֵלָיו אֲשֶׁר לֹא הָיְתָה לְאִישׁ – לָהּ יִטַּמָּא". כמו כן אם אירע שהכהן פגש בדרכו מחוץ לישוב 'מת מצווה', היינו מת עזוב, שאין מי שיודע על מקומו ומטפל בקבורתו, מצווה על הכהן לגמול חסד עם המת ולקוברו, למרות שאינו קרוב משפחתו ובתוך כך יצטרך לנגוע בו ולהיטמא.
הרב קוק הסביר שעל פי מושגי הנצח המוחלטים, המוות הוא חזיון שווא. למעשה הנשמה עוברת מעולם לעולם, מעולם נמוך לעולם גבוה יותר, ורק בעולם הזה המוות נראה כדבר נורא ומזעזע. ומאחר שתפקיד הכהנים לבטא את רעיונות הנצח שמדגישים את החיים ואת החסד, הרחיקה אותם התורה מן המוות, כדי שמבחינה רגשית לא יושפעו כל-כך מהצער והייאוש המלווים אותו (אורות הקודש ח"ב עמ' שפ). אמנם הרחקה זו אינה מוחלטת, ולקרוביהם או למת מצווה, הם נטמאים, אלא שבכל זאת הרחיקה אותם התורה באופן יחסי מהמוות.
אמנם לכהן הגדול העומד בראש הכהנים קבעה התורה דינים חמורים יותר. משום שלרום מעלת תפקידו, עליו להיות קשור יותר לעולם הנצח, ולהתרחק מהצדדים הקשים והמסובכים שבחיים. לפיכך, אסור לכהן הגדול להיטמא אפילו לקרוביו, ורק למת מצווה מותר לו להיטמא. וכן אסור לכהן הגדול לשאת אשה אלמנה, ורק עם בתולה יכול היה הכהן הגדול להתחתן. שנאמר (ויקרא כא, י): "וְהַכֹּהֵן הַגָּדוֹל מֵאֶחָיו אֲשֶׁר יוּצַק עַל רֹאשׁוֹ שֶׁמֶן הַמִּשְׁחָה וּמִלֵּא אֶת יָדוֹ לִלְבֹּשׁ אֶת הַבְּגָדִים אֶת רֹאשׁוֹ לֹא יִפְרָע וּבְגָדָיו לֹא יִפְרֹם (באבלות על קרוביו). וְעַל כָּל נַפְשֹׁת מֵת לֹא יָבֹא לְאָבִיו וּלְאִמּוֹ לֹא יִטַּמָּא. וּמִן הַמִּקְדָּשׁ לֹא יֵצֵא, וְלֹא יְחַלֵּל אֵת מִקְדַּשׁ אֱלוֹהָיו כִּי נֵזֶר שֶׁמֶן מִשְׁחַת אֱלוֹהָיו עָלָיו אֲנִי ה'. וְהוּא אִשָּׁה בִבְתוּלֶיהָ יִקָּח. אַלְמָנָה וּגְרוּשָׁה וַחֲלָלָה זֹנָה אֶת אֵלֶּה לֹא יִקָּח כִּי אִם בְּתוּלָה מֵעַמָּיו יִקַּח אִשָּׁה, וְלֹא יְחַלֵּל זַרְעוֹ בְּעַמָּיו כִּי אֲנִי ה' מְקַדְּשׁוֹ".
ראוי לדעת, שהמקדש נועד לשמש תבנית שנלמד ממנה כיצד להעמיד את ערכי הקודש בחיי כל ישראל והעולם, קודש הקודשים כנגד האמונה, סגולת ישראל, התורה וברית הנישואין. השולחן שבקודש כנגד כל העבודות והפרנסות, המנורה שבקודש כנגד כל החכמות והאומנויות, המזבח הפנימי כנגד התפילה, המזבח החיצוני כנגד ההקרבה ומסירות הנפש. כיוצא בזה, יש ללמוד מעבודת הכהנים במקדש לכל העבודות המסייעות ליישוב העולם והטבתו. כשם שהכהנים צריכים לקדש את עצמם לעבודת המקדש ולהיזהר מדברים שעלולים להסיח את דעתם מעבודתם, כך כל אדם צריך למצוא ערך מוסרי בעבודתו, וככהן יטהר ויקדש עצמו לקראתה. למשל, אם הוא מורה או רופא, ידאג לישון היטב, כדי שיוכל למלא את תפקידו כראוי. אם הוא מהנדס, לא ישקוט על שמריו, אלא ירחיב את ידיעותיו ויכוון דעתו כדי שיוכל למלא את תפקידו באחריות ולהוסיף טובה וברכה בעבודתו. וכן בכל העבודות.
ויש יחידי סגולה שהם ככהנים גדולים, כמו רופא בעל יכולות נדירות להצלת חיים, שעליו לקדש עצמו ככהן גדול הנכנס לקודש הקודשים, וממקדש עבודתו לא יצא, אפילו לצורך קרוביו. וגם אם באמצע חופת בנו, יוזעק פתאום אל בית החולים, ייפרד בחופזה מבנו, מאשתו ומאורחיו, והם ידעו לאן הוא הולך וילוו אותו בתפילה שיצליח למלא את שליחותו, להציל את החולה המפרפר עכשיו בין חיים למוות. וכן מפקד ביחידת עילית, שצריך להיות נכון תמיד לכל קריאה, ואם בעת שילווה את אשתו ללידת בנם ייקרא פתאום לעזרת ישראל מיד צר, ייפרד ממנה לשלום, וכשם שכל ישראל היו מתפללים ביום הכיפורים על הכהן הגדול שיצא לשלום מקודש הקודשים, כך אשתו תתפלל עליו בעת לידתה שישוב מהקרב לשלום לראות את בנם.
