לא רק מי שרצח במזיד נענש, אלא אף אדם שרצח בשגגה נענש. על פי התורה, עונשו הוא שיעזוב את מקום מגוריו, וייגלה אל אחת מערי המקלט שנקבעו לכך. והיה עליו לשהות שם עד מות הכהן הגדול שהיה באותו הזמן. אם הרוצח בשגגה יצא מעיר המקלט קודם למותו של הכהן הגדול, מותר היה לגואל הדם, היינו לאחד מקרובי הנרצח, להורגו (במדבר לה, ט-לב).
הסיבה לכך היא, שבעצם גם מעשה שנעשה בשגגה, נעשה מתוך איזו שהיא הסכמה פנימית. למשל, אם קרה שאדם שכח את יום השבת, ועשה בו מלאכה, סימן שהשבת לא כל כך יקרה לו, לכן שכח אותה. כמו כן, אדם שלא נזהר, ואכל בטעות מאכל אסור, סימן ששמירת הכשרות לא חשובה לו מספיק. וכן אדם שארע לו להרוג את חבירו בשגגה, סימן הוא שחיי אדם אינם יקרים לו, ולכן הוא לא נזהר שלא לפגוע בחבירו. ועל כן גם אדם שחטא בשגגה חייב לכפר על חטאו.
ומאחר שרצח הוא דבר חמור ונורא כל-כך, על כן אדם חייב להיזהר שבעתיים שלא לפגוע בחבירו, ואם לא נזהר, עונשו חמור יותר. ושלא כמו שאר החטאים החמורים, שהעובר עליהם בשגגה די לו להביא קרבן חטאת כדי לכפר על חטאו, הרוצח בשגגה חייב לשנות את כל חייו, עליו לגלות לעיר המקלט, ולתקן שם את אופיו, כדי שהוא ואחרים יזהרו תמיד, שלא לפגוע ח"ו בחיי חברם. ואם לא יעשה כן, יהיה מותר לגואל הדם להורגו.
כיום כל דיני רוצח בשגגה אינם נוהגים. משום שהתנאי היסודי לכל זה הוא, שהסנהדרין הגדולה של שבעים ואחד זקנים תשב במקומה בירושלים ותוכל לדון דיני נפשות. וכן צריך להתקיים עוד תנאי, שכל שש ערי המקלט, ששלוש מהן בצד המערבי של הירדן, ושלוש בצד המזרחי, יובדלו ויוקדשו למטרה זו (חינוך ת"י, רמב"ם הל' רוצח ח, ב).
