מחלוקת המעשית והמשמעותית היחידה שבין מנהגי העדות השונות בדיני ליל הסדר היא בשאלת ברכת 'הגפן' לפני שתיית הכוס השנייה והרביעית.
לדעת הרבה ראשונים צריך לברך 'הגפן' לפני שתיית כל אחת מארבע הכוסות, ואף שאין מסיחים את הדעת בין שתיית כוס אחת לחברתה, הואיל וכל אחת מהן מצווה בפני עצמה, נקבעה לכל אחת ברכה. וכן דעת רב נטרונאי גאון ורב עמרם גאון והרי"ף והרמב"ם, וכך פסקו הרמ"א ומהרי"ץ (מגדולי רבני תימן), שעל פיהם נוהגים יוצאי אשכנז ותימן הנוהגים על פי הרמב"ם.
אבל דעת הרא"ש, שיש לברך 'הגפן' על הכוס הראשונה והשלישית בלבד. שהואיל ואין היסח דעת בין שתיית הכוס הראשונה לשנייה, ברכת הראשונה פוטרת את השנייה. ועל הכוס השלישית מברכים, מפני שהיא כוס של ברכת המזון. וכמו בכל סעודה, מברכים על הכוס ששותים אחר ברכת המזון, למרות שכבר בירכו על היין בסעודה, מפני שברכת המזון מהווה ברכה אחרונה ליין ששתו בסעודה, ולכן צריך לברך שוב 'הגפן' על הכוס של ברכת המזון. והברכה על הכוס השלישית פוטרת גם את הכוס הרביעית. וכן דעת רבנו יונה והרשב"א, וכן פסק בעל ה'שולחן ערוך', וכן נוהגים יוצאי ספרד.
גם לגבי ברכה אחרונה על היין יש דעות בראשונים, אולם למעשה מוסכם שאין לברך אחר שתיית כל כוס וכוס ברכה אחרונה, אלא ברכת המזון עולה על היין ששתו בשתי הכוסות הראשונות, ולאחר שתיית הכוס הרביעית מברכים מעין שלוש – "על הגפן ועל פרי הגפן", וברכה זו עולה על מה ששתו בכוס השלישית והרביעית.[18]