התורה כוללת בתוכה תחומים רבים ושונים, ושאלה יסודית בהלכות תלמוד תורה היא, כיצד הוא סדר הלימוד הנכון. בתלמוד מסכת קידושין (ל, א), מובאת הדרכה יסודית לזה: "אמר רב ספרא משום רבי יהושע בן חנניא: לעולם ישלש אדם שנותיו, שליש במקרא, שליש במשנה, שליש בתלמוד".
החלק הראשון הוא המקרא שכולל את כל ספרי התנ"ך. החלק השני נקרא משנה, ובו נכללות המשניות, הברייתות וההלכות הפסוקות, וכן פירושי חז"ל ודרשותיהם על הפסוקים. בעבר לימוד המשניות והברייתות היה כולל בתוכו את כל פסקי ההלכות, אבל כיום עיקר לימוד ההלכה מתקיים בספרים שנתחברו לאחר חתימת התלמוד והם כוללים את בירורי ההלכה של האמוראים וגדולי הראשונים, כגון 'שולחן-ערוך' וספרי הלכה אחרים שמסכמים בקיצור את ההלכות, ולכן עיקר לימוד החלק הנקרא משנה צריך להיעשות כיום בספרי הלכה למעשה.
החלק השלישי נקרא תלמוד, ומשמעותו הבנת הטעמים והסברות של ההלכות הפסוקות המבוארות במשנה ובתלמוד, בראשונים ובאחרונים. עוד חשוב להוסיף שגם העיון בסוגיות האמונה וסתרי תורה כלול בחלק התלמוד.
לאחר שביררנו מהם שלושת החלקים נחזור לחלוקת שעות הלימוד.
הרמב"ם וה'שולחן-ערוך' פסקו, שיש לחלק את שעות הלימוד היומיות לשלושה חלקים שווים, שליש למקרא, שליש למשנה היינו הלכה, ושליש ללימוד טעמי ההלכה וסברותיה. ואע"פ שמשך הזמן שנצרך ללימוד תנ"ך מועט מהזמן הנצרך ללימוד המשנה וההלכה, ותחום המשנה וההלכה קטן מתחום התלמוד והעיון, מכל מקום בתחילת הלימוד צריך אדם לחלק את זמנו לשלושת תחומי הלימוד בחלוקה שווה. אבל לאחר שידע את התנ"ך יוכל להקדיש לו פחות זמן, וכן לאחר שידע את ההלכה למעשה, יוכל להקדיש לה פחות זמן, ואז עיקר לימודו יופנה לתלמוד שהוא העיון בטעמי ההלכה והאגדה.
ולדעת הר"ן, אין כוונת חז"ל לומר לנו שצריך לחלק את הלימוד לשלושה חלקים שווים, אלא כבר מתחילת הלימוד יש להקדיש להלכה יותר זמן מאשר לתנ"ך, ולתלמוד שהוא טעמי ההלכה יותר זמן מאשר ללימוד פסקי ההלכה. ועיקר הדרכת חז"ל באה לומר שבכל יום צריכים לעסוק בכל שלושת התחומים, אלא שלכל תחום יש להקדיש זמן ראוי לפי גודלו וכמותו.
ולדעת רבנו תם, הלומד תלמוד בבלי יוצא ידי חובת לימוד שלושת התחומים, שהתלמוד הבבלי כולל הכל, שמובאים בו פסוקים מן התנ"ך, משניות והלכות, וכמובן טעמים וסברות.
כשנתעמק נמצא שאין מחלוקת גדולה בין הראשונים, שכן הכל מסכימים שבתחילת לימודו של הילד, ילמד יותר מקרא, לאחר מכן משנה והלכה, ולאחר מכן תלמוד (אבות ה, כא). לאחר שידע את יסודות המקרא, המשנה ההלכה והתלמוד, ישקיע את רוב שעותיו להעמקה בחלק התלמוד בענייני הלכה ואמונה. כאשר לרוב הראשונים צריך עדיין לקבוע זמנים קבועים לחזרה על תנ"ך והלכה, ואילו לרבנו תם די בלימוד התלמוד הבבלי שכולל הכל, ובלבד שבתוך לימודו ייזכר במסקנת ההלכה.
יש נוהגים כרבנו תם (רמ"א וש"ך יו"ד רמו, ה). ורבים סוברים שנכון להקדיש בכל יום זמן מיוחד הן לתנ"ך והן להלכה, וכן פסקו הרמב"ם (הל' ת"ת א, יא) וה'שולחן-ערוך' (יו"ד רמו, ד) והב"ח ו'שולחן-ערוך-הרב' (הל' ת"ת פ"ב ה"ב).
