התפילין הן אות לקשר המיוחד והמקודש שבין ישראל לאביהם שבשמיים. וכיוון שהן קדושות נצטווינו לכותבן לשם קדושת תפילין, לפיכך יאמר הסופר לפני שיתחיל לכותבן: "הנני כותבן לשם קדושת תפילין", ואם לא אמר – פסולות (מ"ב לב, צה). ובכל פעם שיבוא לכתוב אחד מן השמות הקדושים שבהן, יאמר: "הנני כותבו לשם קדושת השם" (שו"ע לב, יט). וכן צריך לעבד את הקלף שלהן לשם תפילין (שם ח).
כיוון שהתפילין קדושות, המניחן צריך להיזהר מאוד בכבודן, ואסור להתפנות בבית הכסא או אף להפיח בשעה שהן עליו. וכל כך חששו לפגיעה בכבוד התפילין, עד שלמרות שמן התורה מצוות תפילין שייכת ללילה כמו ליום, תקנו חכמים שלא להניח תפילין בלילה, שמא יירדם בעודן עליו ויפיח בהן ויתבזו (שו"ע או"ח ל, ב). ואפילו אדם ששכח להניח תפילין כל היום, וביטל על ידי כך מצוות עשה, אין לו להניחן בלילה. אך אם עדיין לא הגיע הלילה ממש, אלא רק בין השמשות, שהוא ספק יום ספק לילה, יניחן בלא ברכה (באו"ה סו"ס ל, כה"ח ל, יז).
וכן אסור לאכול בהן סעודת קבע, שמא ישתכר ויבזה בכך את התפילין שעליו (שם מ, ח).
המניח תפילין בתוך תרמיל, צריך להיזהר שלא לשבת עליו, ורק אם הוא יודע שהן נמצאות בצד אחד של התרמיל יוכל לשבת על צידו השני.[2]