כל המצוות צריכות כוונה, שיתכוון האדם שהוא מקיים את המעשה הזה מפני שהוא מצווה (שו"ע או"ח ס, ד). בנוסף לכך, במספר מצוות מצומצם נצטווינו לכוון גם למשמעותה המיוחדת של המצווה. אחת מהן היא מצוות התפילין, שנאמר לגביה (שמות יג, ט): "וְהָיָה לְךָ לְאוֹת עַל יָדְךָ וּלְזִכָּרוֹן בֵּין עֵינֶיךָ לְמַעַן תִּהְיֶה תּוֹרַת ה' בְּפִיךָ כִּי בְּיָד חֲזָקָה הוֹצִאֲךָ ה' מִמִּצְרָיִם". וכן נפסק ב'שולחן-ערוך' (או"ח כה, ה): "יכוון בהנחתם שציוונו הקב"ה להניח ארבע פרשיות אלו שיש בהם ייחוד שמו ויציאת מצרים, על הזרוע כנגד הלב, ועל הראש כנגד המוח, כדי שנזכור ניסים ונפלאות שעשה עמנו, שהם מורים על ייחודו ואשר לו הכוח והממשלה בעליונים ובתחתונים לעשות בהם כרצונו, וישעבד לקב"ה הנשמה שהיא במוח, וגם הלב שהוא עיקר התאוות והמחשבות, ובזה יזכור הבורא וימעיט הנאותיו". ויש מהדרים לומר נוסח 'לשם ייחוד' לפני הנחת התפילין, כדי לבטא באופן מפורט ומדויק את כוונות התפילין.
בדיעבד, גם אם לא כיוון כוונה זו, יצא ידי חובה, שאין היא מעכבת. ואת הכוונה הבסיסית לקיים את מצוות ה' קיים בעצם העובדה שהניחן ובירך עליהן (מ"ב כה, טו).
יש מהדרים לקרוא לאחר הנחת תפילין פרשיות 'קדש' ו'והיה כי יביאך', כדי לזכור בפועל את כל מה שכתוב בתפילין. ואת פרשיות 'שמע' 'והיה אם שמוע' אין צורך לקרוא באופן מיוחד, כי ממילא יקראום אח"כ בקריאת שמע (מ"ב כה, טז).
