לאחר הפרשת מעשר ראשון ללוי, מצווה להפריש מהפירות הנותרים מעשר נוסף, שהוא כ-9% מכלל הפירות שהיו בתחילה. בשנים א' ב' ד' ה' למחזור השמיטה מפרישים 'מעשר שני', ובשנים ג' ו' מפרישים 'מעשר עני'. המיוחד ב'מעשר שני' שאף שיש בו קדושה והוא נקרא 'ממון גבוה' – הוא נשאר ברשות בעל הפירות ומצווה עליו לאוכלו עם בני משפחתו בין חומות ירושלים בטהרה. שנאמר (דברים יד, כב-כג): "עַשֵּׂר תְּעַשֵּׂר אֵת כָּל תְּבוּאַת זַרְעֶךָ הַיֹּצֵא הַשָּׂדֶה שָׁנָה שָׁנָה. וְאָכַלְתָּ לִפְנֵי ה' אֱלוֹהֶיךָ בַּמָּקוֹם אֲשֶׁר יִבְחַר לְשַׁכֵּן שְׁמוֹ שָׁם מַעְשַׂר דְּגָנְךָ תִּירֹשְׁךָ וְיִצְהָרֶךָ… לְמַעַן תִּלְמַד לְיִרְאָה אֶת ה' אֱלוֹהֶיךָ כָּל הַיָּמִים".
המתקשים להעלות את פירות ה'מעשר-שני' לירושלים מפני המרחק וריבוי הפירות, רשאים לפדותם בכסף, כדי שהפירות יצאו לחולין והקדושה תעבור לכסף, שאותו יעלו לירושלים ויקנו בו מאכלים ויאכלום בטהרה כדין אכילת מעשר שני. שנאמר (שם, כד-כו): "וְכִי יִרְבֶּה מִמְּךָ הַדֶּרֶךְ כִּי לֹא תוּכַל שְׂאֵתוֹ כִּי יִרְחַק מִמְּךָ הַמָּקוֹם אֲשֶׁר יִבְחַר ה' אֱלוֹהֶיךָ לָשׂוּם שְׁמוֹ שָׁם כִּי יְבָרֶכְךָ ה' אֱלוֹהֶיךָ. וְנָתַתָּה בַּכָּסֶף וְצַרְתָּ הַכֶּסֶף בְּיָדְךָ וְהָלַכְתָּ אֶל הַמָּקוֹם אֲשֶׁר יִבְחַר ה' אֱלוֹהֶיךָ בּוֹ. וְנָתַתָּה הַכֶּסֶף בְּכֹל אֲשֶׁר תְּאַוֶּה נַפְשְׁךָ, בַּבָּקָר וּבַצֹּאן וּבַיַּיִן וּבַשֵּׁכָר וּבְכֹל אֲשֶׁר תִּשְׁאָלְךָ נַפְשֶׁךָ, וְאָכַלְתָּ שָּׁם לִפְנֵי ה' אֱלוֹהֶיךָ וְשָׂמַחְתָּ אַתָּה וּבֵיתֶךָ".
בעת הפדיון צריך להוסיף חומש על דמי הפירות, שנאמר (ויקרא כז, ל-לא): "וְכָל מַעְשַׂר הָאָרֶץ מִזֶּרַע הָאָרֶץ מִפְּרִי הָעֵץ לַה' הוּא קֹדֶשׁ לַה'. וְאִם גָּאֹל יִגְאַל אִישׁ מִמַּעַשְׂרוֹ חֲמִשִׁיתוֹ יֹסֵף עָלָיו". חמישית זו היא בחשבון הכולל, היינו שצריך להוסיף רבע על מחיר הפירות, כך שבחישוב הכולל התוספת תהיה חומש. לדוגמא: אם מחיר הפירות הוא 100, בתוספת חומש יהיה 125.
פירות 'מעשר שני' הם קדושים, ואסור לנהוג בהם מנהג חולין, כגון למוכרם או להחליפם.[6]