מנהג קדום מתקופת הראשונים, שהנער עולה לתורה בשבת הראשונה אחר הגיעו למצוות (מנהגי מהרי"ל קריאת התורה ה), ונוהגים להעלותו לעליית 'מפטיר' כדי שיקרא את ההפטרה. בדורות האחרונים יש נוהגים שהנער מכין את כל הפרשה וקורא אותה בציבור, ובזכות זה הוא לומד להיות 'בעל קורא'. אבל צריך להשתדל שעול הקריאה לא יכבד עליו ויעיב על שמחת הכניסה למצוות. כמו כן יש לבדוק אם חתן בר המצווה הגיע לרמה הנאותה לקריאה בתורה, שאם לא כן אין זה מכבוד הציבור שיקרא עבור כולם, מה עוד שמסתבר שיטעה טעויות כאלה שבעטיין צריכים לחזור, ואם יחזירו אותו על כל טעות, תיגרם לנער עגמת נפש ובושה, ואם לא יחזירו אותו, הציבור לא יצא ידי חובת קריאת התורה.
מנהג אשכנז, שהאב מברך בהגיע בנו לגיל מצוות: "ברוך אתה ה' אלוהינו מלך העולם שפטרני מעונשו של זה". וכן כתבו ראשוני אשכנז (עיטור ג' הלכות מילה; תשב"ץ קטן שצ; מנהגי מהרי"ל קריאת התורה ה). מקור ברכה זו במדרש (בראשית רבה סג, י; פסיקתא זוטרתא תולדות כה). משמעות הברכה, שעד גיל שלוש עשרה האב אחראי על מעשיו של בנו ונענש עליהם, ומעתה הבן אחראי על מעשיו. ויש מבארים, שעד גיל מצוות כיוון שהילדים אינם אחראים למעשיהם, אם הם עוברים ייסורים, הרי שזה בעוון הוריהם, ולכן האב מברך בעת שיגיעו למצוות על שהוא נפטר מאחריות זו.
אמנם בקהילות רבות של יוצאי ספרד, לא נהגו לברך ברכה זו שלא נזכרה בתלמוד. ואף באשכנז היו שנהגו לאומרה בלא שם ומלכות, באופן שאינה נחשבת ברכה אלא הודאה.
למעשה ישנם שלושה מנהגים בזה: א) מנהג רבים מיוצאי אשכנז לומר את הברכה בשם ומלכות (גר"א רכה, ג; ח"א סה, ג; עולת ראיה). והמנהג הרווח לומר את הברכה לאחר סיום העלייה הראשונה של בר המצווה לתורה.
ב) מנהג רבים מיוצאי אשכנז ויוצאי ספרד, לומר את הברכה בלא שם ומלכות. יוצאי אשכנז אומרים אותה אחר העלייה לתורה, ויוצאי ספרד בסעודה (רמ"א או"ח רכה, ב, לבוש, דה"ח; בא"ח ראה יז; יבי"א ח"ו או"ח כט).
ג) מנהג רבים מעולי צפון אפריקה ותימן ועוד קהילות ספרדים, שאין אומרים ברכה זו כלל (זוכר ברית אבות עמ' ל; עלי הדס יח, ט; כתר שם טוב עמ' שיח).
הנחת תפילין: לגבי החינוך לכל המצוות הכלל הוא, שמשעה שהקטן יכול להבין את כללי המצווה ולקיימה כהלכתה, כל מצווה לפי מורכבותה וקושי קיומה, מחנכים אותו לקיימה (סוכה מב, א, מ"ב שמג, ג; פנה"ל שבת כד, א). ויש שנוהגים כך גם לגבי תפילין, ומעת שהאב מעריך שבנו מסוגל לשמור את גופו נקי, מתחיל לחנכו להניח תפילין. אולם המנהג הרווח לדחות את החינוך לתפילין עד סמוך לבר המצווה. וזאת משום שהנחת התפילין צריכה להתקיים ביראת כבוד תוך שמירה על גוף נקי ובלא היסח הדעת, וקשה לחנך לכך ילדים. בפועל, יש נוהגים שהנער מתחיל להניח תפילין חודש לפני בר המצווה, ויש מקדימים ומניחים חודשיים או שלושה לפני בר המצווה. ויש נוהגים לציין את תחילת קיום המצווה באירוע חגיגי.
