הואיל ובית הדין אינו יכול לדעת בוודאות את אשר בליבו של המתגייר, ואינו יכול לנבא כיצד ינהגו הגר וצאצאיו בעתיד, על בית הדין לשקול את כל הצדדים, ולהכריע על פי שיקול דעתו. כלומר, כמעט תמיד ישנו ספק מסוים האם נכון לקבל את הגר או לדחותו, ועל בית הדין האחריות והסמכות להחליט לפי מה שנראה בעיניו, וכפי הכלל המפורסם: "הכל לפי ראות עיני בית דין" (ב"י רסח, יב; ש"ך כג).
ויש מצבים שבהם נחלקו הפוסקים, עד כמה יכול בית הדין להשתמש בסמכותו ולגייר גר שיש חשש כבד שאין גיורו לשם שמיים. יש מחמירים וסוברים, שכאשר ישנו ספק מבוסס שמא המבקש להתגייר אינו מתכוון לשם שמיים, חובה לדחותו, ואין הדבר נתון לשיקול בית הדין. ולכך התכוונו חכמים (יבמות כד, ב) בהדרכתם שלא לקבל גר שמעוניין לשאת יהודייה, ולא לקבל גרים בשעה שישראל חיים בעושר, כי במקרים אלו יש חשש כבד שהגיור לשם אישות או לשם ממון, ולא לשם שמיים. ורק כאשר מסתבר מאוד לבית הדין שעיקר כוונת הגר לשם שמיים ובכוונתו לקיים מצוות בדבקות, למרות שיש גם מניע של נישואין או ממון, ביכולתו להפעיל שיקול דעת ולקבלו.
מנגד, יש מקילים וסוברים, שגם במקום שיש חשש מבוסס שכוונת הגר אינה לשם שמיים, כגון שהוא רוצה לשאת אשה יהודייה או לשפר את מצבו הכלכלי, אם בית הדין מעריך שיש סיכוי שהגר יתקדם ויהיה גר צדק, רשאי לגיירו. וכן אם על ידי הגיור בת זוגו תשמור על זהותה היהודית ותינצל מהתבוללות, רשאי בית הדין להחליט לגיירו, למרות שעיקר כוונתו להתגייר לשם נישואין או ממון. כי מה שאמרו חכמים שלא לגייר לשם אישות או ממון, הוא דווקא כאשר כל כוונת הגר היא לשם אישות או ממון, אבל אם יש לו גם כוונה לשם שמיים – מותר לגייר. עוד ביארו שזו הדרכה טובה שלא לקבל גרים לשם אישות אבל לא דין מחייב, וכאשר יש בכך צורך מיוחד כדי להציל מהתבוללות או כאשר רואים הדיינים גם כוונה טובה אצל המתגייר, בסמכותם להחליט לגייר למרות שהמניע העיקרי לגיור אינו לשם שמיים.[6]
עוד ראו במסורת הגיור ב, ה; ז-ח, שנחלקו הפוסקים האם הכלל: "הכל לפי ראות עיני בית דין" הוא כלל רחב, שמעניק לדיינים סמכות רבה לקבל גרים כל אימת שהם סבורים שיש בכך תועלת לכלל ישראל או להצלת בן הזוג היהודי מהתבוללות. או שמא הכלל מצומצם למקרה שיש ספק לגבי כוונותיו של הגר עצמו, אבל כאשר ברור שבא לשם אישות וכדומה אין לקבלו, זולת מקרים מיוחדים שבהם ברור שכוונתו לשם שמיים (ראו עשה לך רב ג, כט). מחלוקת זו היא חלק מהמחלוקת הגדולה האם כדי למנוע התבוללות ניתן לגייר בני זוג נוכריים שלא צפוי שיקיימו אורח חיים דתי אלא יחיו כבעלי 'זהות יהודית' בלבד, להלן ו, ד-ו.
