ברית המילה, היינו הסרת הערלה, צריכה להיעשות כדרך שמקיימים כל ישראל ברית מילה לבניהם – על ידי מוהל יהודי, זכר ובכוונה לשם מצווה. ואמנם רבים סוברים שגם אשה יהודייה כשרה למול, כי העיקר שהמוהל יהיה חייב במצוות התורה, אולם למעשה נוהגים שרק יהודי זכר ימול, כדי שהמצווה תתקיים על ידי אדם שחייב בעצמו בברית המילה (ע"ז כז, א; שו"ע ורמ"א רסד, א).
כאשר הנכנס בברית הוא מבוגר, המילה מכאיבה לו יותר, וכדי להקל על הכאב נוהגים להרדים את מקום המילה.[4]
לפני הברית המוהל מברך: "בָּרוּךְ אַתָּה ה' אֱלוֹהֵינוּ מֶלֶךְ הָעוֹלָם, אֲשֶׁר קִדְּשָׁנוּ בְּמִצְוֹתָיו וְצִוָּנוּ לָמוּל אֶת הַגֵּרִים", ומיד מסיר את הערלה. כאשר הגר אינו תינוק, מקפידים שבעת הברכה מקום המילה יהיה מכוסה, שאין אומרים ברכה מול ערווה מגולה.
לאחר מכן, אחד הנוכחים מברך על כוס יין ברכת 'הגפן' ועוד ברכה: "בָּרוּךְ אַתָּה ה' אֱלוֹהֵינוּ מֶלֶךְ הָעוֹלָם, אֲשֶׁר קִדְּשָׁנוּ בְּמִצְוֹתָיו וְצִוָּנוּ לָמוּל אֶת הַגֵּרִים וּלְהַטִּיף מֵהֶם דָּם בְּרִית, שֶׁאִלְמַלֵי דָּם בְּרִית לֹא נִתְקַיְימוּ שָׁמַיִם וָאָרֶץ, שֶׁנֶּאֱמַר: אִם לֹא בְּרִיתִי יוֹמָם וָלָיְלָה, חֻקּוֹת שָׁמַיִם וָאָרֶץ לֹא שָׂמְתִּי, בָּרוּךְ אַתָּה ה' כּוֹרֵת הַבְּרִית" (שבת קלז, ב; שו"ע רסח, ה).[5]
לאחר הברכה ממשיך ואומר: "אֱלוֹהֵינוּ וֵאלוֹהֵי אֲבוֹתֵינוּ, קַיֵּם אֶת הַאִישׁ הַזֶּה בְּתוֹרַת אֵל וּבְמִצְווֹתָיו, וְיִקָּרֵא שְׁמוֹ בְּיִשְׂרָאֵל: פְּלוֹנִי בֶּן אַבְרָהָם אָבִינוּ. יִשְׂמַח בַּתּוֹרָה וְיָגֵל בְּמִצְווֹת, הוֹדוּ לַה' כִּי טוֹב, כִּי לְעוֹלָם חַסְדּוֹ. פְּלוֹנִי זֶה, בֶּן אַבְרָהָם אָבִינוּ, גָּדוֹל יִהְיֶה, כְּשֵׁם שֶׁנִּכְנַס לַבְּרִית כֵּן יִכָּנֵס בְּתוֹרַת אֵל וּבְמִצְווֹתָיו וּבְמַעֲשִׂים טוֹבִים".
לאחר מכן נוהגים לומר את הפסוקים: "שְׁמַע יִשְׂרָאֵל ה' אֱלוֹהֵינוּ ה' אֶחָד". "ה' מֶלֶךְ, ה' מָלָךְ, ה' יִמְלֹךְ לְעוֹלָם וָעֶד". "אָנָּא ה' הוֹשִׁיעָה נָּא, אָנָּא ה' הַצְלִיחָה נָּא".
לאחר שיתרפא הגר מהמילה, יטבול וישלים את גיורו. ואף שלאחר ההחלטה לקבל את הגר מצווה להשלים את הגיור בזריזות, כיוון שיש חשש שהמים יזהמו את פצעו, מעכבים את הטבילה עד שיתרפא (יבמות מז, ב).
[5]. מרי"ף ורמב"ם משמע שמברכים רק את הברכה השנייה, אולם המנהג כדעת בה"ג, מנהיג, רא"ש (וכך דעתו גם ברי"ף), טור, שו"ע (רסח, ה), ערוה"ש, נהר מצרים ועוד, שמברכים על המילה שתי ברכות כמובא למעלה. אחת היא הברכה שהמוהל מברך לפני המילה, והשנייה שמברכים על כוס יין לאחר המילה. חתימת הברכה השנייה 'כורת הברית', כמובא בשו"ע רסז, יב, ומבואר בפרישה כד.