הטבילה שבה נחתם הגיור לגברים ולנשים, מתקיימת על ידי טבילת כל הגוף כאחד בתוך מקווה מים טהורים (פנה"ל טהרת המשפחה י, א-ב; ט). כלומר מי גשמים שנקוו בקרקע או מי מעיינות או ים, שכל זמן שהמים נקווים בקרקע כדרך טבעם – הם טהורים, והטובל בהם נטהר. בזמן שבית המקדש היה קיים, לטבילה היה מקום חשוב בסדר החיים של כל ישראל, כי על ידה היו נטהרים מטומאה לקראת הכניסה למקדש ולקראת אכילת טהרות. לאחר שבית המקדש חרב, בטלו רוב הטבילות, אולם מעין קדושת בית המקדש נותרה בברית האהבה המקודשת שבין אשה לבעלה, ולכן מצוות הטבילה שנותרה לנו היא בטבילתה של אשה לבעלה לאחר וסתה לקראת החיבור המחודש עם בעלה. גם בטבילת הגרים ובהצטרפותם לקדושת ישראל ישנה מעין אותה קדושה של בית המקדש.
כאמור, הטבילה נעשית על ידי טבילת כל הגוף כאחד בתוך מי המקווה. טבל והותיר אפילו אצבע אחת או שערה אחת מחוץ למים – הטבילה פסולה. גם לא יועיל לטבול שוב את אותה אצבע או שערה, אלא יש לחזור ולטבול במים את כל הגוף עם כל השיער כאחד. לשם כך נהגו שבטבילת אשה, אשה נוספת עומדת ורואה שכל שערותיה נכנסות למים (להלן ט).
המים רומזים לחסד העליון, שעל ידם ה' משפיע חיים לכל בריותיו, וכשהם נקווים יחד במקווה – הם מבטאים את רעיון האחדות שמתגלה בכנסת ישראל. נמצא שהגר הטובל במים מבליע את עצמו בחסד העליון, ונכלל בקדושת כנסת ישראל, ומתוך כך כשהוא עולה מהמים הוא כמו נולד מחדש.
בנוסף לכך שכל הגוף צריך להיות במים כאחד, צריך שלא תהיה על הגוף או השיער שום חציצה שתמנע מהמים לבוא במגע עם הגוף או השיער, כדוגמת דבק, צבע, או לפלוף שבעין. זה הכלל: כל החוצץ בטבילת אשה נידה לבעלה – חוצץ בטבילת גרים (יבמות מז, ב; שו"ע רסח, ב). לפיכך, לפני הטבילה יש לרחוץ היטב את כל הגוף ולחפוף את השיער, כדי לנקותם מכל חציצה. על מנת להבטיח שהרחצה תסיר כל חציצה, יש לקיימה במתינות ובלא לחץ. אשה שיש לה שיער ארוך צריכה לסורקו היטב כדי להתיר את כל הקשרים שבו. בכלל ההכנות לטבילה, יש לנקות את השיניים משיירי מאכל, שכן אף שמי המקווה אינם צריכים להיכנס לפה, מאכל שתקוע בין השיניים חוצץ בטבילה. כמו כן, נוהגים לגזוז את הציפורנים לקראת הטבילה, כדי להבטיח שלא יישאר תחתיהן שמץ לכלוך. נשים נוהגות להסיר לפני הטבילה טבעות ועגילים, כי בתנאים מסוימים הם חוצצים.[6]
