בעקבות הגלויות התגבשו בקהילות ישראל מנהגים שונים, הנוגעים להלכה ולנוסחי התפילה, ונפסק להלכה, שמנהג המקום מחייב את כל תושביו. ואף מי שהיה רגיל במנהגי אשכנז, אם עבר באופן קבוע למקום שבו נהגו כמנהגי ספרד, מיד בעת הגיעו למקום החדש – היו חלים עליו מנהגי המקום, בין להקל ובין להחמיר (שו"ע יו"ד ריד, ב; מ"ב תסח, יד). וכן היה דינו של גר, שהיה מקבל על עצמו את מנהג המקום.
בדורות האחרונים, החל ה' לגאול אותנו, והתקבצנו מכל הגלויות לארץ ישראל, וכמעט בכל הערים והישובים ישנם עולים מגלויות שונות, וממילא אין מנהג למקום, וההוראה היא שכל אדם ימשיך במנהגי אבותיו, הן בענייני הלכה והן בנוסח התפילה.
והגר שאין לו מנהג אבות, יכול לבחור את המנהג העדיף עליו, וכמותו ינהג בכל ענייני התפילה וההלכה. עמדה זו תואמת את מעמדו של הגר, שצד הבחירה בולט בו יותר, שעל ידי בחירתו התגייר, ובידו להחליט באיזה מנהג ברצונו לנהוג.
בבחירת המנהג רצוי שהגר יתייעץ עם רב שמכיר אותו ואת מקום מגוריו, כדי שיוכל להעריך באיזו קהילה יוכל להרגיש יותר טוב ולהתקדם בתורה ובמצוות. כמו כן, אפשר שהגר יבחר ככלל לנהוג כאחד המנהגים, אולם בדברים מסוימים יבחר לנהוג כדעת רוב הפוסקים או כעיקר ההלכה. כגון שיבחר לנהוג כמנהגי אשכנז חוץ ממנהג איסור קטניות בפסח.
אם לאחר שהגר בחר את מנהגיו רצה לחזור בו ולבחור מנהג אחר, יוכל לעשות 'התרת נדרים' ולעבור למנהג שנראה לו כמתאים יותר. אולם נכון שיעשה זאת בהתייעצות עם רבו, כי השינוי עלול להחליש אותו או את בני משפחתו, ועל כן רצוי ש'התרת הנדרים' והשינוי ייעשו באחריות מתוך שיקול דעת כולל.
כאשר הגר הוא מצאצאי יהודים, עדיף שיתחבר לשורשי משפחתו היהודית, וינהג בכל העניינים כמנהגם, שבכך הוא ממשיך את מורשת אבותיו ומעצים את התקשרותו לעם ישראל. אמנם אין הוא חייב בכך, שהואיל והוא מתגייר, הרי הוא כנולד מחדש, ולכן הוא רשאי לבחור את המנהג העדיף עליו.[4]