כיום, אין הכהנים רשאים לאכול תרומה טהורה, הואיל והכל נחשבים טמאים בטומאת מת, ואין בידינו אפשרות להיטהר מטומאה זו בלא הזאת מי אפר פרה אדומה. כאשר התרומה טהורה, אסור לשורפה או לאבדה, אלא יש להניחה עד שתתכלה מאליה או לגונזה בקבורה. כאשר התרומה טמאה, מצווה לשורפה כדי שלא יבואו לאכול ממנה. אמנם כיוון שקשה לשרוף אותה, ולעיתים היא טהורה ואסור לשורפה, ולא תמיד האדם יודע אם היא טהורה. לפיכך, נוהגים לעטוף את התרומה ולהניחה בפח, בין אם היא טמאה ובין אם היא טהורה, שבאופן זה אין חשש שיבואו לאכול ממנה וגם אין מבזים אותה, הואיל ומניחים אותה עטופה.
כאשר מדובר בכמויות גדולות של תרומה, כל זמן שלא נטמאה, כיוון שאסור לאבדה, יש להניחה בצידי השדה עד שתתכלה מאליה. וכאשר יש חשש שיבואו לאוכלה, נכון לקבור אותה או לכסותה מעט בעפר. ואם נטמאה, מצווה לשרוף אותה, וכן אפשר לקבור אותה או לדחוס אותה באופן שתאבד ולא יבואו לאוכלה.[8]
פירות תרומה שהתערבו בפירות חולין מאותו מין, בטלים במאה. ואם התערבו מין בשאינו מינו, ואינו יכול להפריד את התרומה מהתערובת, כגון שהכל רוסק, התרומה בטלה בשישים. ואם לא היה כשיעור שהתרומה תתבטל, צריך לנהוג בכל התערובת כתרומה (רמב"ם תרומות יג, א-ב). בשעת הצורך, כדרך שמתירים נדרים כך ניתן להישאל לחכם על הפרשת התרומות והמעשרות ולבטלה (כמבואר בהלכה הקודמת).
כאשר מדובר בכמויות גדולות של פירות תרומה טהורה, ויש חשש שיבואו לאוכלם, הציעו להתיז עליהם ריח דוחה, שהואיל ואפשר לשוטפו אין הוא גורם לאובדן הפירות. אבל אין לעשות מהפירות קומפוסט באופן שמזרז את ריקבונם (עי' ב'התורה והארץ' ח"ד במאמרו של הרב עזריאל אריאל).
