מצוות אכילת פירות 'מעשר שני' בטהרה בין חומות ירושלים תלויה בקיומו של בית המקדש (לעיל ז, ט), לכן כיום שבית המקדש חרב, גם אם היינו יכולים להיטהר מטומאת מת, לא היתה בידינו אפשרות לאכול את פירות ה'מעשר שני'. ואע"פ כן חובה להפריש תרומות ומעשרות ובכלל זה 'מעשר שני', מפני שמצוות ההפרשה אינה תלויה בקיומו של בית המקדש (רמב"ם מעשר שני ב, א). אלא שאין צורך שפירות ה'מעשר שני' ילכו לאיבוד, מפני שהתורה קבעה שאפשר לפדות את פירות ה'מעשר שני' בכסף, ובכך הקדושה עוברת לכסף והפירות מותרים לכל. ואמנם מצוות התורה לפדותם בדמי שוויים בתוספת חומש, אולם בדיעבד, אם פדאם בפרוטה, הפירות מחוללים. וכיוון שכיום דמי פדיונם הולכים לאיבוד, לכתחילה אפשר לפדותם בפרוטה אחת, וכך הם אכן שווים, הואיל ואי אפשר ליהנות מהם (רמב"ם ב, ב; ד, יח).
בפחות משווה פרוטה אי אפשר לפדות את הפירות, כי אין בו חשיבות, ולכן אין אפשרות לבצע בו קניין או פדיון. שווי פרוטה הוא כשוויו של 1/45 גרם כסף. כיוון שמחיר הכסף נתון לתנודות, שווי הפרוטה עולה ויורד (בשנים האחרונות שווי הפרוטה היה בדרך כלל כארבע עד חמש אגורות).
בשעת הצורך אפשר לפדות את פירות 'מעשר שני' על מאכל ששווה פרוטה, לעוטפו ולהניחו דרך כבוד בפח, כשם שמניחים תרומה. אבל לכתחילה יש לפדות את פירות 'מעשר שני' על כסף.
אדם שרוצה לפדות מעת לעת פירות 'מעשר שני' על פרוטה, צריך לייחד לכך מטבע, ואם מחיר הפרוטה יישאר כחמש אגורות כפי שהוא כיום, אזי יוכל לפדות על מטבע של חמישה שקלים מאה פעמים, ועל מטבע של עשרה שקלים מאתיים פעמים. כדי לזכור שזה המטבע המיוחד לכך, נכון לסמנו במדבקה.[14]
כך הוא סדר הפדיון: לאחר סיום ההפרשה יברך: "ברוך אתה ה' אלוהינו מלך העולם, אשר קדשנו במצוותיו וציוונו לפדות מעשר שני", ויאמר: "מעשר שני זה, הוא וחומשו, מחולל על פרוטה אחת מן המטבע שייחדתי לפדיון מעשר שני". ואם הוא מחלל על מאכל, יאמר: "מעשר שני זה, הוא וחומשו, מחולל על מאכל זה", ויניחנו עטוף בפח, כדי שלא יתבזה.
