כדי לבצע את הבדיקה צריך לעטוף את האצבע בעד, להכניס אותה לעומק הנרתיק כפי האפשר בלא מאמץ, ולבדוק בנחת בחורים ובסדקים, היינו להצמיד את העד לכל צדי הנרתיק, כך שגם אם יש דם בקפלים שבנרתיק – הוא ייראה על העד. לאחר הבדיקה תתבונן בעד: אם יש עליו דם – הבדיקה נפסלה. אם אין עליו אחד מצבעי הדם הטמאים (לעיל ב, ג), גם אם יש עליו הפרשות בצבע אחר, הבדיקה כשרה, ותוכל להתחיל בספירת שבעת הנקיים.
אם נמצא על העד דם או ספק דם, כדאי לנקות שוב את הנרתיק עם בד רטוב, ועוד לפני השקיעה לנסות לפסוק שוב בטהרה, כדי להתחיל בשקיעת החמה את שבעת הנקיים. לכן כדאי לקיים את בדיקת הפסק הטהרה מספיק זמן לפני השקיעה, כדי שבמקרה הצורך יישאר זמן עבור ניקוי נוסף ובדיקה חוזרת.
מי שאינה יכולה להכניס את האצבע לתוך הנרתיק, כגון בתולה, תבדוק עם העד עד מקום הבתולים (להלן ח, ג). כמו כן אשה שיש לה בנרתיק פצע שעלול לדמם בעת הבדיקה, תבדוק עד מקום הפצע, שהעיקר הוא שתבדוק כפי האפשר לה.[4]
בשו"ע קצו, ו, נפסק כדעת רוב הראשונים, שהבדיקה צריכה להיות "בעומק לחורים ולסדקים". אמנם מוכרחים לומר שגם לדעתם כאשר לא ניתן לבדוק בעומק, אפשר להסתפק בבדיקה כפי האפשר. וכשם שבתולה יכולה להיטהר לקראת נישואיה למרות שאינה בודקת בעומק, מפני שקרום הבתולים שסמוך לפתח הנרתיק אינו מאפשר זאת (שו"ע קצב, א; ב"ח ד; להלן ח, ג). ואמנם יש מחמירים שגם אשה שיש סבירות גבוהה שיש לה פצע בנרתיק, חייבת לעשות בדיקת הפסק טהרה בחורים ובסדקים (חוו"ד קצו, ד; רע"א קמא ס; חכמת בצלאל. ועי' שו"ע קפז, ז). אולם רבים סוברים, שכאשר יש חשש שיש לה פצע, תבדוק בדיקה קלה. יש שביארו שהבדיקה בעומק ובחורים ובסדקים היא חומרא מדברי חכמים למי שיכולה, ועל כן גם לחוששים שבדיקת הפסק טהרה מהתורה, אפשר להסתפק בבדיקה קלה (סדרי טהרה קצו, כג). ויש שביארו שבדיקת 'הפסק טהרה' היא חובה מדברי חכמים, משום שמהתורה די שתרגיש שפסקה מלראות, ולכן בשעת הצורך כאשר קשה לבצע בדיקה יסודית, אפשר להסתפק בבדיקה עד היכן שאפשר (זכרון יוסף יו"ד י). ולכן פסקו רבים שאשה שאינה יכולה לבדוק בעומק, מחמת פצע או מחמת טבעת שהיו מניחים בעבר למי שסבלה מצניחת רחם, תשים לב שפסק וסתה ותבדוק כפי האפשר לה. כיוצא בזה, אשה שיש לה פצע שעלול להיפתח בעת הפסק טהרה, תבדוק עד מקום שאינו מוציא דם (חת"ס יו"ד קמב; בנין ציון עא; שאלת דוד יו"ד ג; אור שמח יו"ד ד; אבני נזר יו"ד רנב; טה"ב ח"ב עמ' שסז-שעה). כאשר יש ספק אם יש שם פצע, ניתן להיעזר ברופאה או אחות שתבדוק זאת.
