הלכה למשה מסיני לכתוב את התורה, התפילין והמזוזות בדיו. והיו עושים את הדיו מעשן שמנים, ומערבים אותו בשרף אילן, ויש שהיו מערבים גם מי עפצים וגומא. ולדעת ר"ת יש להקפיד לעשות את הדיו מחומרים מסוימים (עי' בשו"ע או"ח לב, ג, ובבאור הלכה שם שיש דעות מהם החומרים המעכבים).
אולם לדעת הרמב"ם, אמנם מלכתחילה יש להשתמש בחומרים הנזכרים, אבל מן הדין כל חומר כתיבה שחור – כשר, שכן כוונת ההלכה, שהכתיבה צריכה להיות בצבע שחור ולא ירוק או אדום או אפור (הל' סת"ם א, ד-ה).
לעיתים קורה בספרי תורה ישנים, שהצבע השחור שלהם דוהה ונוטה מעט לגוון אפור-אדמדם. יש אומרים שבכך הספר נפסל, הואיל ואותיותיו אינן שחורות לגמרי (פמ"ג). אולם לדעת רוב הפוסקים הספר כשר, כיוון שהוא נכתב בדיו כשר, וכך היא דרכו של הדיו, שבמשך הזמן הוא מקבל גוון אדמדם, וגם אז הוא נקרא שחור (חת"ס, מ"ב לב, קכח).
הלכה למשה מסיני שצריך לשרטט את השורות על גבי הקלף לפני הכתיבה, כדי שהכתב יהיה ישר ונאה. נוהגים לשרטט בחרט חריץ דק, ואין משרטטין בעופרת או בצבע. ואם כתב בלא שרטוט, למרות שכתב ישר – הספר פסול (רמב"ם הל' סת"ם א, יב; שו"ע יו"ד רעא, ה).
צריך לכתוב ביד ימין, שכך היא דרך כתיבה, וכן למדו ממה שנאמר (דברים ו, ח-ט): "וּקְשַׁרְתָּם לְאוֹת עַל יָדֶךָ… וּכְתַבְתָּם עַל מְזֻזוֹת בֵּיתֶךָ". הוקשה הקשירה לכתיבה, כשם שקשירת התפילין על יד שמאל נעשית ביד ימין, כך הכתיבה צריכה להיעשות ביד ימין (עי' מנחות לז, א). והושווה דין כתיבת ספר תורה ומזוזה לכתיבת תפילין. ואם כתב ביד שמאל, ספר התורה פסול. איטר יד, יכתוב ביד שמאל, שזו היד שבה הוא רגיל לכתוב, והיא היד שבה הוא קושר את התפילין (שו"ע יו"ד רעא, ז; או"ח לב, ה).
לפני תחילת הכתיבה הסופר צריך לומר: "ספר זה אני כותב לשם קדושת ספר תורה", ואמירה זו מספיקה לכל הספר (שו"ע יו"ד רעד, א). וטוב שיוסיף ויאמר: "וכל אזכרות שבו לשם קדושת השם". ואע"פ שאמר כך בתחילת הכתיבה, בכל פעם שיבוא לכתוב את שם השם, צריך לומר בפירוש: "לשם קדושת השם" (שו"ע רעו, ב). ואם לא אמר את הכוונה לפני כתיבת כל שם, הספר פסול. אולם כתב הט"ז (יו"ד רעו, א), שאם חשב בעת כתיבת השם שהוא כותבו לשם קדושה, ובתחילת כתיבת הספר אמר במפורש שכל האזכרות שבו יכתוב לשם קדושת השם, בדיעבד, למרות שלא הוציא מפיו בעת כתיבת השם את הכוונה, הכתיבה כשרה על סמך האמירה הכוללת שאמר בתחילה.
