למרות הדיוק המופלא שבהעתקת התורה, דיוק שאין דומה לו בשום עם ולשון, בעקבות הגלויות נפלו שינויים מעטים בין המסורות השונות.
בחומש בראשית (ט, כט) בספרי התורה הספרדיים והאשכנזיים כתוב: "וַיְהִי כָּל יְמֵי נֹחַ", ואילו בספרי התורה התימניים כתוב: "וַיִּהְיוּ כָּל יְמֵי נֹחַ".
וכן בחומש דברים (כג, ב), בספרים הספרדיים וברוב ספרי התורה האשכנזיים, כתוב: פצוע 'דכה' ב'ה'. ולמסורת תימן, וכן בכמה ספרי תורה ישנים מאשכנז, כתוב: 'דכא' ב'א'.
וכן בחומש ויקרא פרשת צו, לפי המסורת הרווחת ברוב ישראל בפרק ז' פסוק כ"ח מתחילה פרשה פתוחה (להלן יב), ולמסורת תימנים ועוד מסורות, הפרשה מתחילה לפני כן בפסוק כ"ב (עי' ש"ך יו"ד רעה, ו).
הכלל היסודי הוא שבעניין זה בעלי המסורה הם הקובעים. בעלי המסורה אלו הסופרים הדייקנים שהיו סופרים את האותיות שבתורה ומדקדקים בלשונה. ולכן אף אם ישנו מדרש שמשמע ממנו שהגירסה שונה מהגירסה שלפנינו, הלכה כבעלי המסורה. אולם עדיין נותרה שאלה, כיצד צריכים הסופרים לנהוג באותם השינויים שבעלי המסורה נחלקו.
הרמב"ם כתב שהספר עליו הוא סומך, הוא הספר הידוע במצרים, שהיה לפני כן בירושלים וממנו הגיהו את הספרים, ועליו היו הכל סומכים, לפי שהגיהו בעל המסורה המפורסם בן אשר, ודקדק בו שנים, והגיהו פעמים רבות (הלכות ס"ת ח, ה). כלומר לדעת הרמב"ם ישנה גירסה אחת שהיא הנכונה ועל פיה צריכים לכתוב את כל הספרים, וכל המשנה ממנה, ספרו פסול.
לפי מסורת הקהילה החלבית, הספר המפורסם שעליו דיבר הרמב"ם, הוא 'כתר-ארם-צובא'. למרבה הצער אין בידינו כיום אלא חלקים מ'כתר-ארם-צובא', אולם ישנם ספרים רבים שהועתקו ממנו, ועל פי השוואת הספרים השונים, נמצא כי ספרי התימנים הם הקרובים לנוסח המקורי שעליו דיבר הרמב"ם.
אולם מנגד, לדעת כמה מגדולי הראשונים, אין להעדיף את מסורת בן אשר על פני המסורות האחרות, וכל מסורת מוסמכת שכתבו על פיה במשך שנים רבות ספרים רבים, יש לה מקום, והכותב על פיה ספרו כשר (רשב"א, מאירי, מהר"י מינץ).
למעשה, לגבי הקריאה בתורה, מוסכם על הכל, שכל ספר שנכתב על פי אחת מן המסורות המוסמכות, מותר לקרוא בו בברכה.[3]
