משעה שגלו בני השבטים ראובן, גד וחצי המנשה (3,188 לבריאת העולם), כמאה וחמישים שנה לפני החורבן – בטלו מצוות שביעית ויובל מהתורה, שנאמר (ויקרא כה, י): "וּקְרָאתֶם דְּרוֹר בָּאָרֶץ לְכָל יֹשְׁבֶיהָ" – "בזמן שכל יושביה עליה, ולא בזמן שגלו מקצתן", וכאשר חיוב היובל מתבטל גם חיוב השביעית מתבטל (ערכין לב, ב; גיטין לו, א. הטעם מבואר בפנה"ל שביעית ויובל א, ט; ה, ג).
ועדיין היו חייבים במצוות תרומות ומעשרות מהתורה, ואף שקיימו את מצוות השביעית מדברי חכמים או מחמת המנהג, ספירת שנות השמיטה נמשכה מהתורה, שבה היה תלוי חיוב המעשרות (עי' רמב"ם שמיטה ויובל י, ה; ועי' תוס' בערכין יב, ב, 'הנך שני').
כשמונה עשרה שנה אח"כ (3,206 לבריאת העולם), בטל חיוב חלה ותרומות ומעשרות מהתורה, הואיל ורוב ישראל כבר לא היו בארצם. ומשעה שנחרב בית המקדש הראשון, בטלה הקדושה שמהווה יסוד לחיוב כל המצוות שמתקיימות על ידי הציבור, כמו חלה ותרומות שנותנים לכהנים; מעשר ראשון שנותנים ללוויים; מעשר שני שכל ישראל אוכלים בירושלים; מעשר עני שנותנים לעניים; שביעית ויובל שתלויות בהיות כל שבטי ישראל בנחלתם. שהואיל ומצוות אלו תלויות במצבו של כלל ישראל, תשתית חיובן בטלה בעת החורבן. וזהו שאמרו חכמים (חולין ז, א): "קדושה ראשונה קדשה לשעתה ולא קדשה לעתיד לבוא", שהקדושה הראשונה התבטלה עם חורבן בית המקדש הראשון.
אבל במצוות שמתקיימות על ידי כל יחיד לעצמו, כמו ערלה וכלאיים, חייבים מהתורה גם לאחר חורבן בית המקדש וגלות ישראל. שהואיל וחיובן התחיל מעת כניסתם לארץ, עוד לפני שכבשו אותה וחלקו את נחלותיה, אין החורבן והגלות מבטלים את חיובן.[5]
היסוד לקדושה שנייה הוא קדושה ראשונה, וכפי שאפשר ללמוד מדין ערים מוקפות חומה שהתקדשו בימי יהושע בן נון, וקדושתן קובעת שבתים הנמכרים בהן, אחר שנה נחלטים לקונה לצמיתות, ואינם שבים ביובל לבעליהם. ומצווה לשלח מהן מצורע, ואסור לזרוע את מגרשיהן (אלף אמה לכל רוח). בערכין לב, ב, נחלקו תנאים: יש אומרים שעולי בבל לא היו צריכים לשוב לקדשן, מפני "שקדושה ראשונה קדשה לשעתה וקדשה לעתיד לבוא". ויש אומרים: "כשעלו בני הגולה מצאו אלו (הערים שהתקדשו בראשונה) וקידשום, אבל ראשונות בטלו משבטלה קדושת הארץ". ונראה שגם לדעתם, הקדושה הראשונה שנעשתה מכוח הכיבוש היתה הבסיס שעל גביו התקיים הקידוש השני שנעשה מכוח ההתיישבות, וכפי שפירשו האחרונים, שעזרא היה יכול לקדש רק ערים שכבר קידש יהושע בן נון (טורי אבן מגילה י, א, משנה למלך שמיטה ויובל יב, טו; דרך אמונה שם בבאו"ה 'כיון'. ועי' מנחת חינוך שמ, א, 'ומבואר').
