ניתן להשתמש באותו מיקרוגל למאכלים חלביים ובשריים תוך יצירת הפרדה ביניהם. בהפרדה יש לשים לב לשני דברים: האחד, שלא יניחו מאכלים חלביים או בשריים ישירות על אותה צלחת. השני, שלא תיכנס זיעה רבה מחלל המיקרוגל למאכל המתחמם.
לפיכך, יש להקפיד שלא להניח מאכלים ישירות על הצלחת הקבועה של המיקרוגל, אלא מאכלים חלביים על צלחת חלבית ומאכלים בשריים על צלחת בשרית, ואת הצלחות הללו יניחו על הצלחת של המיקרוגל. כמו כן יש לייחד מכסה מיוחד למאכלים חלביים ומכסה מיוחד למאכלים בשריים. ואף שיוצאים אדים דרך החרירים הקטנים שבמכסים המיועדים למיקרוגל, אין בכוח הזיעה היוצאת מהם להצטבר על דפנות המיקרוגל ותקרתו ולתת בו טעם, וקל וחומר שאין בכוחם להוציא טעם שאולי נבלע בדפנות המיקרוגל ולהכניסו למאכל שמתחמם.
כמו כן אפשר לקבוע שהמצב הרגיל של המיקרוגל הוא חלבי, ואם ירצו לחמם בו מאכל בשרי, יניחו על הצלחת הקבועה של המיקרוגל צלחת נוספת או משטח אחר, ויכסו את המאכלים הבשריים במכסה או קופסה או יעטפום בשקית. וכך ינהגו גם כאשר יחממו מאכל פרווה כדי לאוכלו עם מאכלים בשריים.
מיקרוגל שהשתמשו בו בטרף, צריך להכשירו (להלן לג, ט). בדיעבד, כשאין זמן להכשירו או כשהוא שייך לאנשים שאינם מקפידים על כשרות, ניתן לחמם בו מאכלים על ידי הנחתם על צלחת נוספת והכנסתם לתוך שקית או קופסה שתעטוף אותם מכל צדדיהם, למרות שיישאר שם פתח ליציאת אדים.[16]
לגבי הצלחת, יש שכתבו שלמנהג ספרדים צלחת הזכוכית אינה בולעת ודי לנקותה בין בשר לחלב (ילקוט יוסף), ואילו למנהג אשכנזים ובא"ח, יש ליצור הפרדה הואיל והיא בולעת. ולפי המבואר להלן לב, ה, לכל הדעות יש להחמיר כמבואר למעלה, הואיל ומדובר בדרגה שקרובה לכלי ראשון (עי' הוראה ברורה קח, א, באו"ה 'אלא').
בדיעבד אם חיממו בלא כיסוי כנדרש, המאכל כשר. ואם גם לא היתה הפרדה בין המאכל לצלחת, ויתכן שהצלחת היתה מלוכלכת מעט בשיירי מאכל טרף או מהמין השני, המאכל שחיממו על הצלחת הזו אינו כשר. ואם הוא עבה וכחוש, היינו בלא שמנונית, יש להוריד ממנו כדי נטילה, היינו עובי כשני ס"מ (1.9 ס"מ) שבאו במגע עם הצלחת.
