שני סוגים של כינוסי מים בקרקע ישנם: א) מעיין שמקורו במי תהום, היינו במים הנובעים מהקרקע. ב) בור שבו נקווים מי הגשמים, הנקרא 'מקווה'. שנאמר (ויקרא יא, לו): "אַךְ מַעְיָן וּבוֹר מִקְוֵה מַיִם יִהְיֶה טָהוֹר". מי מעיין כשרים לטבילה גם בעת שהם זורמים, אולם מי מקווה כשרים רק ב'אשבורן', היינו בעת שהם עומדים במקומם, משום שהמים כשרים כדרך שהם מתקיימים במצבם הטבעי. מי גשמים יורדים מהשמיים, וכל עוד הם זורמים מצבם ארעי ולא קבוע, ורק כאשר ייקוו למקום אחד, הם מתקיימים ואפשר להשתמש בהם. לעומת זאת, המעיין תמיד נובע וזורם, וכיוון שכך הוא טבעו ודרך שימושו, גם בעת שמימיו זורמים הוא כשר לטבילה (משנה מקוואות א, ז-ח; שו"ע רא, ב).
מעיין שנפל לתוכו משקה אחר כדוגמת יין אדום, למרות ששינה את מראה המים, כיוון שמי המעיין נחשבים 'מים חיים', המעיין כשר לטבילה. אולם מקווה שנפל לתוכו יין אדום ששינה את מראה המים, כיוון שצבע המקווה השתנה מחמת משקה שאינו מים, המקווה נפסל. אמנם כיוון שהיו במקווה כבר ארבעים סאה מים כשרים, אפשר להוסיף עליהם עוד מים שאובים עד שיחזור מראה המקווה למראה מים ויהיה כשר. ואם מראה המקווה השתנה מחמת התיישנות המים או בעקבות ששטפו בו כלים, המקווה נותר כשר (שו"ע רא, כה-כח).
המעיין, כמו המקווה, צריך שיעור ארבעים סאה לטבילת אדם, אלא שאם מי המעיין זורמים, מצרפים את כל מי המעיין ממקום נביעתו ועד סוף זרימתו לחישוב ארבעים סאה (שו"ע רא, א).[3]
טהרת כלים: שיעור טהרתם מהתורה במקווה של רביעית, וחכמים תיקנו לטבול גם כלים במקווה של ארבעים סאה (נזיר לח, א). ולגבי מעיין, יש אומרים שאכן אפשר לטבול כלים דקים כמחטים במעיין של כלשהו (תוס' נזיר לח, א, 'בר מההוא'; ט"ז רא, א). ויש אומרים שצריך לפחות רביעית (מרדכי, הובא בדרכי משה רא, ב). לגבי טבילת כלים שנקנו מגוי, דעת רוב הפוסקים שצריך ארבעים סאה, וכן הלכה (ראו פנה"ל כשרות לא, ד, 4).
אפשר להסביר, שכוחו של המעיין לטהר בכלשהו הואיל והוא נובע ממי התהום ומחובר אליהם, ועם מי התהום יש בו תמיד שיעור של יותר מארבעים סאה. וכ"כ רדב"ז (מצודת דוד תנה), שהמעיין מטהר בכלשהו ובזוחלים, כי מקורו במים שאין להם סוף, שאינם נפסקים. וכתב ר' יוסף קארו (מגיד מישרים פרשת ויקהל), שהמעיין ממקור עליון של נחלה ללא מיצרים, ואין לסטרא אחרא אחיזה בו, ולכן מטהר גם בזוחלים.
כל הטמאים שבתורה יכולים להיטהר בטבילה במקווה או במעיין, חוץ מזב שיכול להיטהר במעיין בלבד, שנאמר (ויקרא טו, יג): "וְכִי יִטְהַר הַזָּב מִזּוֹבוֹ, וְסָפַר לוֹ שִׁבְעַת יָמִים לְטָהֳרָתוֹ, וְכִבֶּס בְּגָדָיו וְרָחַץ בְּשָׂרוֹ בְּמַיִם חַיִּים וְטָהֵר" (משנה מקוואות א, ח).
שלושה דברים צריכים דווקא מים חיים, שהם מי מעיין: א) טבילת זבים, ב) מים להזאה על מצורע ובית המנוגע, ג) מים לאפר פרה אדומה.
