מצווה מהתורה שכל ענייני הקדוּשה בעבודת בית המקדש, וכן המגע בבשר הקורבנות, בחלה ובפירות תרומות ומעשר שני ואכילתם – יתקיימו על ידי אנשים טהורים. כפי שלמדנו (לעיל א, ב), הטומאה קשורה למוות, לכן הטומאה החמורה ביותר היא טומאתו של המת שנקרא 'אבי אבות הטומאה'. טומאה פחות חמורה, היא הטומאה הנגרמת מהפרשות שיכלו להביא חיים ואבדו, כטומאת הנידה ושכבת זרע, או הפרשות שמבטאות פגיעה במערכת שמביאה חיים, כטומאת זב וזבה. כפי חומרת הטומאה כך הוא סדר תהליך הטהרה: הנטמא ממת צריך להמתין שבעה ימים, ביום השלישי והשביעי צריך שיזו עליו ממי אפר פרה אדומה, וביום השביעי יטבול ובסיומו ייטהר. זב וזבה צריכים להמתין שבעה ימים נקיים ולטבול בלא צורך בהזאת מי אפר פרה אדומה. איש או אשה הנטמאים משכבת זרע, וכן הנוגעים בנבלת בהמה וחיה או שרץ, נטמאים עד סוף היום ונטהרים בטבילה. דיני הטהרות מרובים מאוד, וסדר שלם מתוך שישה סדרי משנה מוקדש להם, אולם כלל אחד חל על כל הטמאים, שאין טהרתם נשלמת בלא טבילה במים.
בטעם המצווה להיטהר במים אפשר לומר, שהמים קדמו להופעת החיים, שנאמר (בראשית א, א-ב): "בְּרֵאשִׁית בָּרָא אֱלֹוהִים אֵת הַשָּׁמַיִם וְאֵת הָאָרֶץ. וְהָאָרֶץ הָיְתָה תֹהוּ וָבֹהוּ וְחֹשֶׁךְ עַל פְּנֵי תְהוֹם וְרוּחַ אֱלֹוהִים מְרַחֶפֶת עַל פְּנֵי הַמָּיִם". וברא אלוהים ביום הראשון את האור, כדי לתת על ידו כיווּן לעולם, ועדיין היה העולם מלא ומוקף במים. ביום השני (שם ו-ז): "וַיֹּאמֶר אֱלֹוהִים יְהִי רָקִיעַ בְּתוֹךְ הַמָּיִם וִיהִי מַבְדִּיל בֵּין מַיִם לָמָיִם. וַיַּעַשׂ אֱלֹוהִים אֶת הָרָקִיעַ וַיַּבְדֵּל בֵּין הַמַּיִם אֲשֶׁר מִתַּחַת לָרָקִיעַ וּבֵין הַמַּיִם אֲשֶׁר מֵעַל לָרָקִיעַ, וַיְהִי כֵן". ועדיין היתה הארץ כולה מוצפת מים. ביום השלישי: "וַיֹּאמֶר אֱלֹוהִים יִקָּווּ הַמַּיִם מִתַּחַת הַשָּׁמַיִם אֶל מָקוֹם אֶחָד וְתֵרָאֶה הַיַּבָּשָׁה, וַיְהִי כֵן. וַיִּקְרָא אֱלֹוהִים לַיַּבָּשָׁה אֶרֶץ וּלְמִקְוֵה הַמַּיִם קָרָא יַמִּים, וַיַּרְא אֱלֹוהִים כִּי טוֹב" (שם ט-י). הרי שהמים הם היסוד שממנו התחילו החיים בעולם, והטמא שהתרחק משורש החיים חוזר וטובל כולו במים, ומתוך כך חוזר לשורש חיותו וכמו נברא מחדש ונטהר (עוד על כך לעיל א, יא-יב).
לאחר שנחרב בית המקדש וגלו ישראל מעל אדמתם – בטלה הטהרה מישראל, אולם טהרה חשובה ומקודשת עוד נותרה לנו, והיא טהרה מטומאת נידה, מפני שטומאת נידה אינה נוגעת רק לכניסה למקדש ולאכילת טהרות, אלא גם לקרבה שבין בני הזוג. אכן בזוגיות המקודשת שבין איש לאשתו נותרה תמצית הטהרה והקדושה בישראל, וכפי שאמר רבי עקיבא על איש ואשה שזכו לחיות בנאמנות, שהשכינה שורה ביניהם (סוטה יז, א), כי שורש האהבה, החיים והאחדות שבין איש לאשתו, בקודש הקודשים (לעיל א, ט-י; פנה"ל שמחת הבית וברכתו א, ה-ז).
מפני המעלה הגדולה של קדושת ישראל, ומפני שהמקווה משמש בקביעות ציבור נשים גדול, מנהג ישראל להדר לכתחילה בהלכות המקווה, וכאשר אפשר, מחמירים לבנותו באופן שיהיה כשר גם לפי דעות יחידים שלא נפסקו להלכה (תשב"ץ א, יז; דעת כהן קטז). אמנם כאשר ההחמרה תגרום לכך שיתקשו להקים מקווה, אין להחמיר. קל וחומר שאין להחמיר בחומרות חדשות, שיש בהן משום הוצאת לעז על הטובלות בעבר (מהר"יק נו; דעת כהן קיז; קכה).
לגודל חשיבות המקווה, חובה על כל קהילה לבנות מקווה (רמ"א חו"מ קסג, ג). כמו כן, מצווה לבנות מקווה שיהיה נאה, נקי ונעים ביותר (חידושי רעק"א לט).
