בברכה השלישית של חזרת הש"ץ אומרים קדושה. עיקר הקדושה בעניית הפסוקים: "קָדוֹשׁ קָדוֹשׁ קָדוֹשׁ ה' צְבָאוֹת, מְלֹא כָל הָאָרֶץ כְּבוֹדוֹ", "בָּרוּךְ כְּבוֹד ה' מִמְּקוֹמוֹ", ו"יִמְלֹךְ ה' לְעוֹלָם" וכו'. המנהג כיום על פי האר"י ז"ל, שהקהל אומר גם את קטעי הקישור, ואח"כ החזן אומרם בקול רם, והקהל עונה אחריו את פסוקי הקדושה (מ"ב קכה, ב, כה"ח ב).
טוב לעמוד בקדושה ברגליים צמודות, מפני שאנו אומרים קדושה זו כעין המלאכים שרגליהם צמודות עד שנראות כרגל אחת (שו"ע קכה, ב). יש מהדרים להישאר ברגליים צמודות עד לסיום ברכת 'האל הקדוש' (א"ר צה, ז), אבל אין בזה חיוב.
נוהגים להגביה מעט את העקבים בעת אמירת המלים: 'קדוש' 'קדוש' 'קדוש', 'ברוך' ו'ימלוך', ולשאת את העיניים כלפי מעלה כשהן עצומות, לבטא בזה רצון להתעלות ולהתנשא כלפי מעלה (ב"י ורמ"א קכה, ב. ועי' מ"ב ו, כה"ח ב, ט, שי"א שפותחים העיניים).
כשיגיע החזן ל'מודים', כורעים כל הקהל עימו, ואומרים 'מודים-דרבנן', שנוסחו שונה מנוסח מודים של תפילת עמידה, כמבואר בתלמוד (סוטה מ, א). כריעה זו צריכה להיות כדין הכריעה ב'מודים' שבתפילת הלחש (מ"ב קכז, ב, כה"ח א; לעיל יב, ה).