בין מצוות התפילין למצוות המזוזה ישנו דמיון, בשתיהן המצווה לכתוב על קלף את פרשת 'שמע' (דברים ו, ד), ופרשת 'והיה אם שמוע' (דברים יא, יג), אלא שלמזוזה די בשתי פרשיות אלו, ואילו בתפילין כותבים עוד שתי פרשיות: 'קדש' (שמות יג, א), ו'והיה כי יביאך' (שם, יא).
אפשר לומר, ששתי המצוות הללו נועדו לקשר דברים השייכים למציאות החולפת של העולם הזה: הגוף והבית, אל הרעיונות הרוחניים, הנצחיים, המוזכרים בפרשיות המזוזה. המזוזה באה לקדש את ביתו של האדם, והתפילין את גופו.
ההבדל בין המצוות הללו הוא, שבמצוות תפילין רק גברים חייבים, ואילו במצוות המזוזה הכל חייבים בשווה (ברכות כ, ב). לכן גם אשה המתגוררת לבדה בביתה, חייבת לקבוע בו מזוזה ולברך: "ברוך אתה ה' אלוהינו מלך העולם, אשר קדשנו במצוותיו וציוונו לקבוע מזוזה".
אפשר לומר, שבעצם האשה שייכת למצוות המזוזה עוד יותר מהאיש, שכן האשה היא עיקר הבית, ועליה מוטלת האחריות הראשונה לדאוג לקדושתו, ולכן גם הקשר שלה אל המזוזה חזק יותר.
גם בית השייך לכמה שותפים, חייב במזוזה, ועל כל אחד מהם מוטל החיוב לדאוג שתהיה מזוזה בפתח ביתם המשותף. וכשאחד מהם קובע מזוזה, כולם יוצאים בה ידי חובה.
וכן בערים המוקפות חומה ישנה מצווה על בני העיר לקבוע מזוזה בכל שער משערי העיר, שנאמר (דברים יא, כ): "וּכְתַבְתָּם עַל מְזוּזוֹת בֵּיתֶךָ וּבִשְׁעָרֶיךָ". ואפילו אם חלק מתושבי העיר הם גויים, אם הרוב הם יהודים, על היהודים לקבוע בשערי העיר מזוזה. אמנם במשך זמן רב, כשהיינו בין הגויים ותחת שלטונם, לא יכולנו לקיים את מצוות קביעת המזוזות בשערי העיר מפני הסכנה, ומפני שהגויים הסירו את המזוזות וביזו אותן (שו"ע ורמ"א יו"ד רפו, א, ש"ך ו-ז, ט"ז ג). ונראה שבשערי העיר העתיקה בירושלים צריכים לקבוע מזוזה. ואף שכיום רוב תושבי העיר העתיקה אינם יהודים, מכל מקום הריבונות הכללית היא ישראלית.
