אחת ההלכות החשובות בהלכות מזוזה היא, שצריך לבדוק את המזוזה פעמיים בשבע שנים. ואמנם מזוזה של רבים, כמו למשל מזוזות שערי העיר, או מזוזות חדרים השייכים למשרדים ממשלתיים או לצה"ל, צריך לבדוק רק פעמיים בחמישים שנה. אבל אדם פרטי צריך לבדוק את מזוזותיו בערך כל שלוש שנים וחצי, והעיקר שיבדוק פעמיים בשבע שנים. וכן כתב ב'שולחן-ערוך' (יו"ד רצא, א): "מזוזת יחיד נבדקת פעמיים בשבע שנים, ושל רבים – פעמיים ביובל".
ישנם שני סוגי בדיקה: ישנה בדיקה של מגיה מומחה, שתכליתה לבדוק אות אחר אות, ולוודא שצורת כולן כשרה על פי ההלכה. וכן לבדוק אם לא נדבקו שתי אותיות זו לזו, שאם נדבקו – המזוזה פסולה. בדיקה יסודית זו צריכה להתבצע עוד לפני קניית המזוזה. ולכן צריך להקפיד לקנות מזוזות אצל אדם ישר שיכול להעיד שהמזוזה עברה בדיקה של מגיה מוסמך.
סוג אחר של בדיקה הוא הבדיקה שצריכה להיעשות פעמיים בשבע שנים, ותכליתה לבדוק האם במשך הזמן שעבר, המזוזה ניזוקה ונפסלה. כי יתכן שמפני הלחות ניטשטשו האותיות, או שהדיו לא היה מספיק טוב וחלק ממנו התפורר ונפל ברבות הזמנים. את הבדיקה הזו יכול כל אדם לעשות בעצמו (חת"ס יו"ד רפג). וכך פעמיים בשבע שנים יוריד את המזוזה, יבדוק אם כל האותיות נשארו שלמות ולא נסדקו, וכן יעיין במקומות קיפול הקלף כדי לראות אם הדיו נמחק שם. ואם המזוזה נשארה כפי שהיתה, יחזירנה למקומה. ואם התעורר אצלו ספק, ישאל שאלת חכם. וכמובן שאם נתעורר אצלו ספק שמא מזוזותיו לא עברו מלכתחילה בדיקה יסודית, עדיף שמגיה מוסמך יבדוק את המזוזות. מזוזה שנעטפה בניילון אטום בקפידה, ואינה חשופה לשמש, כיוון שהוא מוגנת מלחות, אין חובה לבודקה כלל.[5]
חשוב לציין, שישנו ספק האם יש לברך על קביעת מזוזה בעת החזרת המזוזה למקומה אחר בדיקתה. יש אומרים שהואיל והמזוזה הוסרה על מנת להחזירה מיד למקומה, אין לברך בשעת קביעתה מחדש. ויש אומרים שהואיל ולא היתה ודאות שתימצא כשרה, אם נמצאה כשרה – יש לברך בעת קביעתה. למעשה, מחמת הספק יש להימנע ולא לברך, כדי שלא להיכנס למצב של ספק ברכה לבטלה. ואם המזוזה נלקחה לבדיקה שארכה כמה שעות, יש לברך בעת קביעתה מחדש.
ואם בדק כמה מזוזות יחד, העצה הנכונה שיחליף את מקום המזוזות. למשל, את המזוזה של המטבח יקבע בחדר השינה, וכן להיפך, ואז יוכל לברך לפי כל השיטות, אפילו אם יחזיר את המזוזות למקומן מיד אחר הבדיקה (קונטרס המזוזה בבית ברוך ח"ב רפט, ה).
