ניתן היה לחשוב שהחובה לקבוע מזוזה בפתח בית הכנסת גדולה מהחובה לקבוע מזוזה בבית פרטי. אבל האמת הפוכה, החובה לקבוע מזוזה היא דווקא בבית מגורים ולא בפתח בית הכנסת. שנאמר (דברים ו, ט): "וּכְתַבְתָּם עַל מְזוּזֹת בֵּיתֶךָ", 'ביתך' הוא מקום מגורים שרגילים לאכול ולישון בו, שדווקא הוא חייב במזוזה, אבל בית כנסת, שלא נועד לשמש כבית – פטור מן המזוזה (שו"ע יו"ד רפו, ג).
בדורות הקודמים, כשהמצב הכלכלי היה קשה בהרבה מהמצב היום, והיו עניים רבים שלא היה להם היכן לישון, היו רגילים לשכנם בפרוזדור ובמבואות שלפני בית הכנסת, ובאותם המקומות היה צריך לקבוע מזוזה בכל הפתחים שנכנסו בהם למקומות השינה. אבל בפתחים שנכנסו דרכם למקום התפילה, לא קבעו מזוזות.
אולם לגבי בתי המדרש התעוררה שאלה, כי אולי דווקא בית כנסת פטור מן המזוזה, מאחר שנמצאים בו רק במשך זמני התפילה, שהם בסופו של דבר חלק קטן מן היום, אבל בתי מדרש, שרגילים ללמוד בהם כל היום, אולי צריך להחשיבם כבית דירה ולחייבם במזוזה, וכפי שלמדנו (לעיל ז, ז) שמותר ללומדי התורה לאכול בהם כדי שלא להתבטל מתורה. אכן יש בזה שתי דעות, לדעת רוב הפוסקים גם בית מדרש פטור ממזוזה, ויש מן הפוסקים הסוברים שבית מדרש חייב במזוזה. למעשה נוהגים להחמיר ולקבוע מזוזה בבתי המדרש, אבל אין לברך בשעת קביעתה, מאחר שלדעת רוב הפוסקים אין מצווה לקבוע מזוזה בבתי המדרש (שו"ע יו"ד רפו, י). והואיל ובכל בתי הכנסת רגילים היום לקבוע שיעורי תורה, ויש להם על ידי זה קצת דין של בית מדרש, נוהגים לקבוע גם בהם מזוזות בלא ברכה, אולם על הפתח הראשי שממנו נכנסים גם למבואות וחדרי הספח שבהם לעיתים אוכלים, יש לקבוע מזוזה עם ברכה.
